これはUbuntu 14.04の問題です
Nautilus ブラウザから隠しファイル/フォルダを永久に非表示にすることはできません。 Nautilus ブラウザから隠しファイル/フォルダを一時的に非表示にすることはできますが、マシンを再起動すると、Nautilus ブラウザに隠しファイル/フォルダが自動的に表示されます。
答え1
設定（edit -> preferences）に移動し、
[✔] Show hidden and backup files
オプションなので、チェックは外れています。