GNOME デスクトップでは、Flatpak としてインストールされたアプリケーションのアプリ インジケーターがトップ パネルに表示されません。
Snaps としてインストールされたアプリケーションや APT 経由でインストールされたアプリケーションのアプリ インジケーターは問題なく表示されます。
以前、KDE Plasma でテストしたことがありますが、3 つのインストール方法 (Flatpak、Snap、APT) すべてからのアプリ インジケーターは問題なく動作しました。
この件に関してご助力いただければ幸いです。