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awk を使用して、特定の列から 0 未満の値を抽出し、行全体を印刷する方法

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awk を使用して、特定の列から 0 未満の値を抽出し、行全体を印刷する方法

タブ区切りのファイルがあり、2 列目から「エクソニック」エントリを、3 列目から非同義 SNV エントリを、4 列目、5 列目、7 列目から (<1) より小さい値とドット (.) を抽出したいと考えています。

Chr     Func.refGene    ExonicFunc.refGene  1000g2015aug_eas 1000g2015a avsnp147    ExAC_ALL
chr1    intergenic      synonymous SNV      .                .          .           .
chr1    exonic          nonsynonymous SNV   1.2              .          .           .
chr2    exonic          nonsynonymous SNV   0.246            .          rs2022      0.4061
chr2    intronic        synonymous SNV      .                0.7386     rs2289093   0.7275
chr2    exonic          nonsynonymous SNV   0.6131           0.7376     rs227       0.7167
chr2    intergenic      nonsynonymous SNV   .                0.231      .           .
chr3    exonic          synonymous SNV      0.2192           0.2376     rs230       0.2205
chr3    intergenic      nonsynonymous SNV   2.01             0.2376     rs230       0.2204

期待される出力

chr2    exonic  nonsynonymous SNV   0.246   .       rs2289195   0.4061
chr2    exonic  nonsynonymous SNV   0.6131  0.7376  rs2276599   0.7167

以下は私が書いたコードです。 awk -F'\t' '$2~/exonic/ && $3~/nonsynonymous SNV/ && $4~/^0/ && $5~/^0/ && $7~/^0/{print $0}' inputfile.txt >> outputfile.txtこの抽出エントリは、列 4、5、7 からゼロ (1 未満) で始まりますが、1 未満でドット (.) のエントリを抽出する方法がわかりません。

答え1

正規表現テストではなく、文字列の場合は文字列比較、数値の場合は数値比較をお勧めします。

$2 == "exonic"

そして

$4+0 < 1

(これは、+0語彙の比較ではなく数値の比較を強制します)。それ以外は、ロジックを正しく理解するだけです。

$ awk -F'\t' '$2 == "exonic" && $3 == "nonsynonymous SNV" && ($4+0 < 1 || $4 == ".") && ($5+0 < 1 || $5 == ".") && ($7+0 < 1 || $7 == ".")' inputfile.txt
chr2    exonic  nonsynonymous SNV   0.246   .   rs2022  0.4061
chr2    exonic  nonsynonymous SNV   0.6131  0.7376  rs227   0.7167

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