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分子の回転する 3D Spacefill モデルを .gif 形式で作成するために使用できる無料ソフトウェアはどれですか?

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分子の回転する 3D Spacefill モデルを .gif 形式で作成するために使用できる無料ソフトウェアはどれですか?

私が話していることの例として、このアニメーションがありますウィキペディア関係があるなら、私は 32 ビット 12.10 を実行しています。あなたが指定したソフトウェアを使用してこれらの gif ファイルを作成する方法を、画像 (テキストで言及されている適切な領域が強調表示されたスクリーンショット) とともに、手順ごとに説明してください。

メサドン [wikipedia

答え1

クテモル

概要

クテモルこれまで見た中で最も美しい分子視覚化を生成します。このソフトウェアは FLOSS であり、公式リポジトリから入手できます。

説明

QuteMol は、オープン ソース (GPL) のインタラクティブな高品質分子視覚化システムです。QuteMol は、OpenGL シェーダーを通じて現在の GPU 機能を活用し、さまざまな革新的な視覚効果を提供します。QuteMol 視覚化技術は、大きな分子や複雑なタンパク質の 3D 形状と構造の明瞭性を向上させ、理解しやすくすることを目的としています。

  • リアルタイム アンビエント オクルージョン

  • 深度を考慮したシルエット強調

  • ボールとスティック、スペースフィル、リコリス視覚化モード

  • 出版品質のレンダリングを作成するための高解像度のアンチエイリアススナップショット

  • ウェブページのアニメーション用に分子の回転アニメーション GIF を自動生成します。

  • 巨大分子およびタンパク質（10万個以上の原子）のリアルタイムレンダリング

  • 標準PDB入力

  • ナノ複合材料のモデリングおよびシミュレーション プログラム NanoEngineer-1 のプラグインとしてサポート (新機能!)

QuteMol は、ISTI - CNR の Visual Computing Lab の Marco Tarini と Paolo Cignoni によって開発されました。

スクリーンショット

ここに画像の説明を入力してください

インストール

QuteMol 現在サポートされているすべてのバージョンの Ubuntu に QuteMol をインストールするには、ターミナルを開いて次のように入力します。

sudo apt install qutemol

注記: Ubuntu ビルドにはいくつかのバグがあるようです。いくつかの小さな UI 要素が正しく動作せず、レンダリングによって変形した構造が生成されることがあります。最後の点は、主に小さな分子を扱うときに発生するようです。これらの問題はすべて、QuteMol を WINE または PlayOnLinux で実行することで解決できます。

問題がリポジトリ内のバージョンに限定されているかどうかを確認するために、QuteMol をソースからビルドしようとしましたが、非常に難しい作業であることが判明し、うまくいきませんでした。

使用法

基本的な使い方

QuteMol の使い方はとても簡単です。お好みの PDB ファイルを開き、ビューを調整してエクスポート ボタンを押します。

ここに画像の説明を入力してください

必ず GIF 形式を選択してください:

ここに画像の説明を入力してください

お好みのレンダリング モードを選択します。アニメーションの回転時間とフレーム数を調整することで、FPS 数を設定できます。

ここに画像の説明を入力してください

レンダリングモード

フル回転モード:

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検査モード:

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6面モード:

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メサドン（質問に描かれている通り）：

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(向きとシェーダーの設定は少し異なりますが、あちこちを少し調整するだけで同じに見えるようになります)

構造データの検索

PDB データベース

QuteMolは標準.pdbファイル.pdbを入力として使用できます。この形式は、タンパク質やその他の高分子で最もよく使用されますが、小分子にも使用できます。タンパク質データバンク。

同様に、ダウンロードに付属する小分子の豊富な構造ライブラリを.pdb見つけるのは困難ですが、次のいずれかで運を試すことができます。

PDBファイルを提供しているかどうかわからない他のデータベースについては、ここ。

始めるにあたって、メサドンに使用したPDBファイルをアップロードしました。ここ. これは WINE/PoL バージョンでより適切に動作するかもしれません。

PDBファイルを取得する他の方法

.pdbMDFファイルなどの他のより一般的な形式からファイルを変換して取得することもできます.mol。これはbabel、さまざまな化学構造形式を変換する強力なコマンドラインツールです。

sudo apt-get install babel

babel使い方は非常に簡単です。ファイル入力と希望する出力を指定するだけで、あとは魔法のように動作します。

babel methadone.mol methadone.pdb

または、Babel に暗黙の水素を追加したい場合は次のようにします。

babel -h methadone.mol methadone.pdb

pH を定義することでプロトン化状態を変更することもできます。

babel -h -p 6 methadone.mol methadone.pdb

3 次元構造情報を含むファイルを必ず使用してください。そうしないと、出力が.pdb意味をなさなくなります。

3D MOL/SDFファイルの良いソースはパブチェムそして亜鉛ファイルをダウンロードするときは、必ず 3D SDF オプションを選択してください。

ここに画像の説明を入力してください ここに画像の説明を入力してください

追加のエクスポートオプション

GIF は Web 公開には適していますが、サイズやその他の問題により、プレゼンテーションで使用すると非常に面倒な作業になる可能性があります。この特定の使用例のために、GIF ファイルを MPEG4 ビデオにすばやく変換する Nautilus スクリプトを作成しました。

#!/bin/bash

# NAME          gif2mp4 0.1
# AUTHOR        Glutanimate (c) 2013 (https://askubuntu.com/users/81372/glutanimate)
# LICENSE       GNU GPL v3 (http://www.gnu.org/licenses/gpl.html)
# DESCRIPTION   Converts GIF files of a specific framerate to MP4 video files.
# DEPENDENCIES  zenity,imagemagick,avconv

TMPDIR=$(mktemp -d)
FPS=$(zenity --width 200 --height 100 --entry --title "gif2mp4" --text="Please enter the frame rate.")
VIDDIR=$(dirname $1)

if [ -z "$FPS" ]
  then
      exit
fi

notify-send -i video-x-generic.png "gif2mp4" "Converting $(basename "$1") ..."

convert $1 $TMPDIR/frame%02d.png
avconv -r $FPS -i $TMPDIR/frame%02d.png -qscale 4 "$VIDDIR/$(basename "$1" .gif).mp4"

notify-send -i video-x-generic.png "gif2mp4" "$(basename "$1") converted"

rm -rf $TMPDIR

出力サンプル:https://www.youtube.com/watch?v=odLnUwj8r4g

インストール手順は、次の場所にあります。Nautilus スクリプトをインストールするにはどうすればいいですか?

ピモル

概要

QuteMolは素晴らしい小さなプログラムですが、レンダリングモードと画像操作の点でかなり制限されています。化合物の視覚化のより高度な処理については、以下をチェックしてください。ピモル簡単なアニメーションを作成する方法についてのチュートリアルは、ここここにチュートリアルを書きたかったのですが、PyMOL に精通していないため書けませんでした。

最後にもう 1 つ。PyMOL で QuteMol と同様のグラフィック忠実度を実現したい場合は、次のブログ記事を確認してください。

http://cupnet.net/ambient-occlusion-pymol/

http://lightnir.blogspot.de/2008/09/cute-molecules.html

スクリーンショット

ここに画像の説明を入力してください

レンダリング オプションのこの簡単な概要がお役に立てば幸いです。この投稿に間違いがある場合は、お気軽に編集してください。

答え2

ぜひご覧になってみてくださいUbuntuサイエンス始めるためのパッケージ。

メイン リポジトリには、すでに利用可能なプログラムおよび視覚化指向のソフトウェア パッケージが多数あります。

例としてgdis、化学のセクションUbuntuサイエンスページ。

このソフトウェアは「OpenGL および POVRay レンダリングをサポートする分子表示プログラム。」

をインストールするにはgdis、ターミナル (ctrl+alt+T) から次のコマンドを実行します。

sudo apt-get install gdis

このパッケージをインストールするには、次の依存関係もインストールする必要があります。

gdis-data
openbabel

インストールが完了したら、メニューからプログラムを開きます。

私の場合、Xfce を実行しているので、アプリケーション メニュー --> 教育 --> GDIS データ モデラーに移動します。または、ターミナル (ctrl+alt+T) を開いて、と入力することもできますgdis。

アプリケーションを開いたら、「ファイル」→「開く」に進みます。

  • そこから、/usr/share/gdis/modelsサンプル ファイルを開くために移動してください。

-- この例では、次のファイルを開きます/usr/share/gdis/models/arag.gin:

分子の回転アニメーションを実行するには:

  • ツールバーの記録アイコンを選択します。

  • 分子を右クリックしてマウスを数秒間ドラッグします
  • メニューに戻り、「ツール」->「視覚化」->「アニメーション」を選択します。次に、「再生」ボタンを選択して分子の操作を再生します。

GDISの基本的なツアーについては、チュートリアル。

答え3

モルギフ

使用することもできますモルギフこれは、xyz ファイルから分子の Gif アニメーションを作成するためのコマンドライン ツールです。

モルギフカフェイン.xyz

カフェイン分子

関連情報