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RHEL 6にANARCIをインストールする

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RHEL 6にANARCIをインストールする

インストールしたいアナキRHEL 6でPython 2.7.7をインストールしました。ホームページでわかるように、ANARCIにはPython 2.6+とHMMER3が必要です。私はanarci tar.gzをダウンロードして解凍しました。

python setup.py install --prefix=/tmp/anarci

しかし、実行すると/tmp/anarci/bin/ANARCI -h、ANARCI という名前のモジュールは表示されません。

この場合、HMMER 依存関係をどのように指定すればよいですか。ANARCI をインストールするにはどうすればよいですか?

答え1

返信ありがとうございます。あなたの提案は私にとってはうまくいきました。私が変更したのは、python の後で、site-packages を PYTHONPATH に追加する必要があることだけです。

したがって、export PYTHONPATH=/tmp/anarci/lib/python/site-packages/:$PYTHONPATH を実行すると問題が解決しました。

2017年5月29日月曜日午後6時53分、ダンバー・ジェームズは次のように書きました: こんにちは、プラシャントさん。

返信が遅くなり申し訳ありません。

anarci Python モジュールは PYTHONPATH 環境変数に、hmmscan バイナリ (hmmer3 から) は PATH に存在する必要があります。

たとえば、bash シェルで最初に実行します:

PYTHONPATH をエクスポートします =/tmp/anarci/lib/python/:$PYTHONPATH PATH をエクスポートします =/tmp/HMMER-3.1/binaries/:$PATH

その後: /tmp/anarci/bin/ANARCI

お役に立てれば幸いです。他にご質問があればお知らせください。

ベスト、ジェームズ

2017年5月29日15時13分、James Dunbarは次のように書きました:

---------- 転送されたメッセージ ---------- 送信者: Prashant Shete <​​[メールアドレス]> 日付: 2017年5月22日 20:18 件名: 抗体番号 - ANARCI インストール先:[メールアドレス]

こんにちは、ジェームズ。

ANARCIをインストールしようとしましたhttp://opig.stats.ox.ac.uk/webapps/sabdab-sabpred/ANARCI.php

説明にあるように、python 2.6+ と HMMER3 が必要です。 anarci tar.gz をダウンロードして解凍し、RHEL 6 マシンで python setup.py install --prefix=/tmp/anarci を実行しました。

HMMER-3.1 もダウンロードし、make を実行し、プレフィックス /tmp/HMMER-3.1 を付けて make install しました。

しかし、/tmp/anarci/bin/ANARCI を実行すると、anarci という名前のモジュールが表示されません。これは、HMMER 依存関係を指定していないためでしょうか。そうであれば、どうすれば指定できますか。

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