答え1
コンピュータに flatpakref ファイルがあることを考えると、おそらく apt/dpkg ではなく flatpak 経由でインストールしたのでしょう。以下を試してみてください:
flatpak uninstall org.gnome.Builder
答え2
パッケージを再インストールしてからアンインストールしてみてください。それでもうまくいかない場合は、バイナリとデスクトップ ファイルを削除するだけで済みます。ビルダーをインストールするパッケージを調べる必要があるかもしれません。ビルダーが/usr/local/bin
ソース パッケージとしてインストールされていた場合は、バイナリが含まれている可能性があります。