パーティションをPCから隠して、そのパーティションにインストールされたソフトウェアを実行できるようにするにはどうすればよいかと思っています。この質問の最初の答えしかし、隠しパーティションのデータにアクセスすることはできません。
答え1
ドライブ文字を非表示にしたいだけなら、パーティションをパスの下にマウントすることができます。たとえば、一時ファイルによってシステム ドライブが断片化されないようにするには、「一時」パーティションを作成し、それを C:\temp の下にマウントします。すると、C:\temp に書き込まれたものはすべて、実際には他のパーティションに書き込まれます。
パーティションがどこにマウントされているかを知らない限り、これらのことを知らない限り、(Windows 経由で) パーティションを簡単に見つけることはできません。
これを隠されたと呼ぶつもりはありません。
実際の隠しパーティションの場合は、TrueCrypt を使用して暗号化されたボリュームを作成し、その中に隠しボリュームを作成できます。 http://www.truecrypt.org/docs/hidden-volume