答え1
~/Library/Preferences/com.googlecode.iterm2.plist
残念ながら、Apple のライブラリは設定を保存するときにシンボリックリンクを消去するため、シンボリックリンクを作成するだけでは不十分です。cron と巧妙なスクリプトを使用すれば実行できると思います。
答え2
iTerm2 の最近のバージョンでは、設定ファイルの場所を明示的に設定することがサポートされており、~/DropBox/Apps/com.googlecode.iterm2.plist
これをそのまま使用すれば問題なく動作するようです。iTerm2 の設定は、「一般」タブにあります。