Unix の名前変更コマンドを使用してファイルを一括で名前変更するにはどうすればよいでしょうか?

Question

次のような名前のファイルがあります:

Sim1-2_40.36.chr20_sb.foo.indel.novoalign.sam
Sim1-2_40.36.chr20_sb.foo.indel.bwa.sam

私がやりたいのは、名前の中のindelすべてを置き換えることです。snp

Sim1-2_40.36.chr20_sb.foo.snp.novoalign.sam
Sim1-2_40.36.chr20_sb.foo.snp.bwa.sam

しかし、なぜこの UNIX コマンドは機能しないのでしょうか?

$ rename 's/indel/snp/' *.sam

Answer 1

間違った名前変更プログラムを使用しているためです。 これが正しいものです。

Answer 2

「通常の」renameユーティリティ (の一部util-linux) は、3 つ以上の引数を取ります (TFM で説明されているように)。

rename FROM TO filespec...

したがって、あなたが（おそらく）探しているのは次のものです:

rename .indel. .snp. *.sam

の別の実装を使用している可能性があるため、最初にスクラッチ ディレクトリでこれをテストしますrename。

または、man ページを確認してください。 咳

Answer 3

ls -1 | while read item
do
  mv $item $(echo $item|sed -e s/.indel./.snp./g);
done

Answer 4

renameスタイルの置換は行いませんsed。この非常に短い Perl スクリプトを使用すると、次の操作を実行できますregmv *.sam s/indel/snp/。

#!/usr/bin/perl -w
#
# regmv - Rename files using a regular expression
#
# This program renames files by using a regular expression to
# determine their new name.
#
# Usage: regmv file [file ...] regexp
#
# $Id: regmv,v 1.1 1998/10/14 17:07:55 blrfl Exp $
#

sub at_clean()
{
    my $message = $@;
    $message =~ s|\s+at /.*$||s;
    return $message;
}

(@ARGV > 1)
    || die "Usage: regmv [options] file [file ...] regexp\n";

my $expr = pop @ARGV;

$_ = 'SomeValue';
eval "\$_ =~ $expr";
die "Yuck: " . at_clean() if $@;

foreach (@ARGV)
{
    my $old = $_;

    eval "\$_ =~ $expr";

    next if $_ eq $old;

    (rename $old, $_)
        || die "Rename failed: $!\n";
}