FTPはSSLを使用でき、X.509証明書を使用したクライアント認証をサポートします。しかし、多くのFTPサーバーがFTPSをサポートしていますが、クライアント証明書をサポートしているサーバーは知りません。（さらに、SSLでのクライアント認証は複雑です。多くの場合、独自の証明機関などを作成して維持する必要があります。クライアントこの種の認証もサポートしていません。
もっと簡単なのは、SSHファイル転送プロトコルであるSFTPを使用することです。これは「通常の」SSHとまったく同じキーを使用します。Windowsでは、ウィンSCPそしてファイルジラSFTPをサポートします。
