アプリケーションは Gnome Shell には表示されませんが、「お気に入り」バーには表示され、検索することができます。
たとえば、スペルが間違っているもの ("chrmium") を検索すると何も表示されませんが、正しいもの ("chromium") を検索すると "Applications" ヘッダーが表示されます。つまり、アプリケーションは適切に検索されていますが、表示されていないだけです。
Virtual Box VM で OpenSUSE 12.1 x64 を実行しています。
Gnome Shell はアプリケーションを表示しません