私は次の文字列を持っています
>gi|374638939|gb|AEZ55452.1| myosin light chain 2, partial [Batrachoseps major]
AAMGR
文書全体で散発的に繰り返され、>gi|37463`AAMGRシーケンスまでのすべてを削除したい
しかし、表示されるブロックは保持しておきたいですJQ250:
>gi|374638936|gb|**JQ250**332.1| Batrachoseps major isolate b voucher DBW5974 myosin light chain 2 gene, partial cds
GCNGCCATGGGTAAGTGAACGCGCCGGACCAGACCATTCACTGCATGCAATGGGGGCGTTTGTGGGTTGG
AAGGTGTGCCAAAGATCTAGGGAACCCCAACTCCTCAGGATACGGGTGGGAGCCCTAAAATATGTCCAGC
TATAAGGAGATGACCAATGGAAAAGGGGGTATCAGCAGTACTTTACCTGCTACTATAAGAGAATTGCATC
CTGGGAATAGCCTCTGAAAGGTCCCATTTTAGCGACACTGGTAGATGGACACTGGCCTTTGGACAGCACC
AGTAAGTAGAGCATTGCATCTTGGGATTCCTTTGCTGTTCACATGCCACTGAAAGCTCTCACCATAGCAG
ATTCAAAATGCCTACCCGGCAGGTTGCCAGAAAAGCACTGCATCATGGGAGAACCACTTTTAGTGACAAT
TCTAAGAGATGGGTGTCTCTCTGCCAGGCGCTATTATCCAGAGACCCCAGTATGACGTCGTCATTGCTCC
CAGGTAACCATGTTCTCACCCCCTCTCCCACAGGCCGC
そして、AEZ554
>gi|374638939|gb|**AEZ554**52.1| myosin light chain 2, partial [Batrachoseps major]
AAMGR
したがって、理想的には次のブロックになります。
>gi|374638934|gb|JQ250331.1| Batrachoseps major isolate a voucher DBW5974 myosin light chain 2 gene, partial cds
GCNGCCATGGGTAAGTGAACGCGCCGGACCAGACCATTCACTGCATGCAATGGGGGCGTTTGTGGGTTGG
AAGGTGTGCCAAAGATCTAGGGAACCCCAACTCCTCAGGATACGGGTGGGAGCCCTAAAATATGTCCAGC
TATAAGGAGATGACCAATGGAAAAGGGGGTATCAGCAGTACTTTACCTGCTACTATAAGAGAATTGCATC
CTGGGAATAGCCTCTGAAAGGTCCCATTTTAGCGACACTGGTAGATGGACACTGGCCTTTGGACAGCACC
AGTAAGTAGAGCATTGCATCTTGGGATTCCTTTGCTGTTCACATGCCACTGAAAGCTCTCACCATAGCAG
ATTCAAAATGCCTACCCGGCAGGTTGCCAGAAAAGCACTGCATCATGGGAGAACCACTTTTAGTGACAAT
TCTAAGAGATGGGTGTCTCTCTGCCAGGCGCTATTATCCAGAGACCCCAGTATGACGTCGTCATTGCTCC
CAGGTAACCATGTTCTCACCCCCTCTCCCACAGGCCGC
>gi|374638935|gb|AEZ55450.1| myosin light chain 2, partial [Batrachoseps major]
AAMGR
>gi|374638936|gb|JQ250332.1| Batrachoseps major isolate b voucher DBW5974 myosin light chain 2 gene, partial cds
GCNGCCATGGGTAAGTGAACGCGCCGGACCAGACCATTCACTGCATGCAATGGGGGCGTTTGTGGGTTGG
AAGGTGTGCCAAAGATCTAGGGAACCCCAACTCCTCAGGATACGGGTGGGAGCCCTAAAATATGTCCAGC
TATAAGGAGATGACCAATGGAAAAGGGGGTATCAGCAGTACTTTACCTGCTACTATAAGAGAATTGCATC
CTGGGAATAGCCTCTGAAAGGTCCCATTTTAGCGACACTGGTAGATGGACACTGGCCTTTGGACAGCACC
AGTAAGTAGAGCATTGCATCTTGGGATTCCTTTGCTGTTCACATGCCACTGAAAGCTCTCACCATAGCAG
ATTCAAAATGCCTACCCGGCAGGTTGCCAGAAAAGCACTGCATCATGGGAGAACCACTTTTAGTGACAAT
TCTAAGAGATGGGTGTCTCTCTGCCAGGCGCTATTATCCAGAGACCCCAGTATGACGTCGTCATTGCTCC
CAGGTAACCATGTTCTCACCCCCTCTCCCACAGGCCGC
>gi|374638937|gb|AEZ55451.1| myosin light chain 2, partial [Batrachoseps major]
AAMGR
>gi|374638938|gb|JQ250333.1| Batrachoseps major isolate a voucher MVZ:Herp:249023 myosin light chain 2 gene, partial cds
GCCGCCATGGGTAAGTGAACGCGCCGGACCAGACCATTCACTGCCTGCAATGGGGGTGTTTGTGGGTTGG
AAGGTGTGCCAAAGATCTAGGGAACCCCAACTCCTCAGGATACGGGTGGGAGCCCTAAAATATGTCCAGC
TATAAGGAGATGACCAATGGAAAAGGGGGTATCAGCAGTACTTTACTTGCTACTATAAGAGAATTGCATC
CTGGGAATAGCCTCTGAAAGGTCCCATTTTAGCGACACTGGTAGATGGACACTGGCCTTTGGACAGCACC
AGTAAGTAGAGCATTGCATCTTGGGATTCCTTTGCTGTTCACATGCCACTGAAAGCTCTCACCATAGCAG
ATTCAAAATGCCTACCCGGCAGGTTGCCAGAAAAGCACTGCATCATGGGAGAACCACTTTTAGTGACAAT
CCTAAGAGATGGGTGTCTCTCTGCCAGGCGCTATTATCCAAGAGACCCCAGTATGACGTCGTCATTGCTC
CCAGGTAACCATGTTCTCACCCCCTCTCCCACAGGCCGC
>gi|374638939|gb|AEZ55452.1| myosin light chain 2, partial [Batrachoseps major]
AAMGR
そのまま残されるだろう
>gi|374638934|gb|JQ250331.1| Batrachoseps major isolate a voucher DBW5974 myosin light chain 2 gene, partial cds
GCNGCCATGGGTAAGTGAACGCGCCGGACCAGACCATTCACTGCATGCAATGGGGGCGTTTGTGGGTTGG
AAGGTGTGCCAAAGATCTAGGGAACCCCAACTCCTCAGGATACGGGTGGGAGCCCTAAAATATGTCCAGC
TATAAGGAGATGACCAATGGAAAAGGGGGTATCAGCAGTACTTTACCTGCTACTATAAGAGAATTGCATC
CTGGGAATAGCCTCTGAAAGGTCCCATTTTAGCGACACTGGTAGATGGACACTGGCCTTTGGACAGCACC
AGTAAGTAGAGCATTGCATCTTGGGATTCCTTTGCTGTTCACATGCCACTGAAAGCTCTCACCATAGCAG
ATTCAAAATGCCTACCCGGCAGGTTGCCAGAAAAGCACTGCATCATGGGAGAACCACTTTTAGTGACAAT
TCTAAGAGATGGGTGTCTCTCTGCCAGGCGCTATTATCCAGAGACCCCAGTATGACGTCGTCATTGCTCC
CAGGTAACCATGTTCTCACCCCCTCTCCCACAGGCCGC
>gi|374638936|gb|JQ250332.1| Batrachoseps major isolate b voucher DBW5974 myosin light chain 2 gene, partial cds
GCNGCCATGGGTAAGTGAACGCGCCGGACCAGACCATTCACTGCATGCAATGGGGGCGTTTGTGGGTTGG
AAGGTGTGCCAAAGATCTAGGGAACCCCAACTCCTCAGGATACGGGTGGGAGCCCTAAAATATGTCCAGC
TATAAGGAGATGACCAATGGAAAAGGGGGTATCAGCAGTACTTTACCTGCTACTATAAGAGAATTGCATC
CTGGGAATAGCCTCTGAAAGGTCCCATTTTAGCGACACTGGTAGATGGACACTGGCCTTTGGACAGCACC
AGTAAGTAGAGCATTGCATCTTGGGATTCCTTTGCTGTTCACATGCCACTGAAAGCTCTCACCATAGCAG
ATTCAAAATGCCTACCCGGCAGGTTGCCAGAAAAGCACTGCATCATGGGAGAACCACTTTTAGTGACAAT
TCTAAGAGATGGGTGTCTCTCTGCCAGGCGCTATTATCCAGAGACCCCAGTATGACGTCGTCATTGCTCC
CAGGTAACCATGTTCTCACCCCCTCTCCCACAGGCCGC
>gi|374638938|gb|JQ250333.1| Batrachoseps major isolate a voucher MVZ:Herp:249023 myosin light chain 2 gene, partial cds
GCCGCCATGGGTAAGTGAACGCGCCGGACCAGACCATTCACTGCCTGCAATGGGGGTGTTTGTGGGTTGG
AAGGTGTGCCAAAGATCTAGGGAACCCCAACTCCTCAGGATACGGGTGGGAGCCCTAAAATATGTCCAGC
TATAAGGAGATGACCAATGGAAAAGGGGGTATCAGCAGTACTTTACTTGCTACTATAAGAGAATTGCATC
CTGGGAATAGCCTCTGAAAGGTCCCATTTTAGCGACACTGGTAGATGGACACTGGCCTTTGGACAGCACC
AGTAAGTAGAGCATTGCATCTTGGGATTCCTTTGCTGTTCACATGCCACTGAAAGCTCTCACCATAGCAG
ATTCAAAATGCCTACCCGGCAGGTTGCCAGAAAAGCACTGCATCATGGGAGAACCACTTTTAGTGACAAT
CCTAAGAGATGGGTGTCTCTCTGCCAGGCGCTATTATCCAAGAGACCCCAGTATGACGTCGTCATTGCTC
CCAGGTAACCATGTTCTCACCCCCTCTCCCACAGGCCGC
答え1
最初のステップ：最新バージョンのNotepad++を実行していることを確認してください（6以降で動作するはずです。6.1.8でテスト済み） - ありがとうございますボブこのため、notepad++ の検索と置換ダイアログの「正規表現」モードを使用して、2 つのマーカー間のテキストを削除できます。
で始まり>gi|37463、で終わるすべての行に一致させるにはAAMGR、「検索対象:」ボックスにこれを入力し、>gi\|37463.*AAMGR(\r\n)?「置換:」ボックスは空のままにし、下部のモードを「正規表現」に設定し、「. 改行に一致」がオンになっていることを確認します。チェックなし。
それらの中の行のみを一致させるにはAEZ554、この検索文字列を使用します。
>gi\|37463.*AEZ554.*AAMGR(\r\n)?
これらすべてにマッチするために含まない JQ250それらの中で、この検索文字列を使用してください>gi\|37463(?!.*JQ250).*AAMGR(\r\n)?
注記：ファイルが Unix / Linux で作成された場合は、\nの代わりに を使用する必要があるかもしれません。\r\n
注2:行を完全に削除するのではなく、ファイルに空白行を残したい場合は、(\r\n)?検索語から を削除します。
注3：質問が「AEZ554テキスト ファイルから行を削除するにはどうすればいいですか?」である場合、次のシェル コマンドが機能します (より高速です)。
Windows XPの場合:type oldfile.txt | find /I /V "AEZ55" > newfile.txt
Linux / Windows 7の場合:grep -v "AEZ55" oldfile.txt > newfile.txt
JQ250同様に、「テキスト ファイルから含まれていない行を削除するにはどうすればよいですか?」
type oldfile.txt | find /I "JQ250" > newfile.txt
grep "JQ250" oldfile.txt > newfile.txt