CLR が削除されると .Net プログラムが実行できなくなることは知っていますが、Windows 自体については興味があります。
答え1
Windows が、Windows の重要な部分を [インストールされたプログラム (追加と削除)] リストに配置し、クリックするだけでアンインストールできるようにするとは考えられません。.Net Framework が不可欠だなどと聞いたことはありません。本当に .Net Framework を削除したい場合は、ファイルを削除してレジストリ参照がぶら下がったままになるという厄介な混乱を残すのではなく、通常のアンインストール方法を使用することをお勧めします。