私は、gnome や kde を実行せずに、Fedora 17 で Firefox 15.0.1 を使用しています。
私が抱えている問題は、Firefox の外部、たとえば xterm でテキストを選択すると、マウスの中ボタンで Firefox 内のテキスト領域などにテキストがコピーされず、コンテキスト メニューが表示されることです。
関連する問題として、たとえばテキスト入力時に Firefox 内で中クリックするたびに、貼り付けたいときにマウスの中ボタンでメニューが表示されます。メニューで [貼り付け] を選択しても、選択したテキスト (Firefox 外部) ではなく、Firefox 内で最後に選択したテキストが貼り付けられます。
about:config で、アドオン Auto Copy と一緒に「middlemouse.paste true」と「middlemouse.paste false」を試しましたが、どの組み合わせも機能しませんでした。マウスの中央クリックでは常にコンテキスト メニューが表示されます。ただし、Auto Copy は選択したテキストをクリップボードに自動的にコピーするのに役立ちました。Auto Copy でまだ残っている唯一の問題は、中央ボタンによる貼り付けです。
追記: どういうわけか、問題は自然に解決しました。自動コピーを削除した後、Firefox は期待どおりに動作します (他の X アプリケーションと同様)。以前は動作しなかった理由がわかりませんが、おそらく about:config をいじりすぎていて、再起動の頻度が足りなかったのでしょう。
答え1
メニューで「貼り付け」を選択しても、選択したテキスト (Firefox 外部) ではなく、Firefox 内で最後に選択したテキストが貼り付けられます。
Xには、プライマリ、セカンダリ、クリップボードの3つのクリップボードがあります。中央のボタンをクリックすると、プライマリのコンテンツが貼り付けられ、ペーストコンテキスト メニューからクリップボードの内容を貼り付けます。
Ctrlプライマリではなくクリップボードにコピーするには、 （+ Shift）+を押すCか、コピーコンテキスト メニューで。