
フォルダー内の複数のファイルに対して Mac ターミナルで同じコマンドを実行するにはどうすればよいですか? ファイルの名前は24538_7#1.fq
、、、など24538_7#2.fq
です。24538_7#3.fq
24538_7#4.fq
コマンドは次のとおりです。
sed -n '\|@.*/1|{N;N;N;p;}' 24538_7#2.fq > 24538_7#2_paired1.fq
sed -n '\|@.*/2|{N;N;N;p;}' 24538_7#2.fq > 24538_7#2_paired2.fq
ファイル名にはカウンターが含まれるため、当然ファイル名を変更する必要があります。
コマンドを書こうとしましたが、ファイル名の変更で行き詰まってしまいました。コマンドの取り組みは以下の通りです:
for file in 24538_7#*.fq; do sed -n '\|@.*/1|{N;N;N;p;}' "$file" > "${file/fq/fq}"; done
(追記:私はMacOSを使っています)
答え1
すべてのファイルの名前が似ていると仮定すると、
for file in 24538_7#*.fq; do
sed -n '\|@.*/1|{N;N;N;p;}' "$file" > "${file%.fq}_paired1.fq"
sed -n '\|@.*/2|{N;N;N;p;}' "$file" > "${file%.fq}_paired2.fq"
done
または(すでに試したことを基に)
for file in 24538_7#*.fq; do
sed -n '\|@.*/1|{N;N;N;p;}' "$file" > "${file/.fq/_paired1.fq}"
sed -n '\|@.*/2|{N;N;N;p;}' "$file" > "${file/.fq/_paired2.fq}"
done
警告: これは、特定の状況と特定のファイル名に対してのみ機能します。