ファイルを Android Base64 にエンコードしたいです。Android の SDK には、これを行うユーティリティ メソッドがあります。この問題を解決するために Android プログラミングを行う必要はありません。Windows 用のユーティリティでも、これを実行できます。
私のMacでは、fourmilab.chのbase64シェルコマンドを使ってみました。
使える結果が得られず、スペースと改行が挿入されます。また、出力ファイルの文字数が少なすぎるようです。
また、Android SDK のライブラリ メソッドと Windows ユーティリティには、base64 用のオプションのオフセットがあり、これを使用できると便利です。