システムにインストールするための起動可能な USB スティック (Fedora) を作成しました。スティックは再利用したいので、機能しているシステムの痕跡をすべて削除したいと考えています。特に、ディスクとして扱ったときにスティックが起動可能にならないように MBR をリセットする方法がわかりません。
私の最終的な目標は、空の、起動不可能な、NTFS で（再）フォーマットされた USB スティックを作成することです。
答え1
ルートとして実行dd if=/dev/zero of=/dev/sdX bs=512 count=1
次に、パーティション テーブル (fdisk /dev/sdXを押すかo、gparted などのグラフィカル ツールのいずれかを使用することもできます) と新しい NTFS パーティションを追加できます。
答え2
Fedora では、Fedora パッケージ マネージャーから GParted をインストールします。起動可能な USB ドライブをアンマウントします。GParted を開き、ドライブのメニュー リストから USB ドライブを見つけます (下のスクリーンショットのマウス カーソルを参照)。
GParted メニューから以下を選択します:パーティション->フラグの管理。 からフラグを管理します...ウィンドウのチェックを外すブート(下のスクリーンショットを参照)。
GPartedメニューから選択パーティション->フォーマット-> NTFS。
答え3
これは、Windows の diskpart などのシンプルなシステム ツールを使用して実現できます。
1)スタートメニューを開き、実行ボックスに「diskpart」と入力します。
2)「list disk」と入力します。3 
)「select disk #」。# は USB スティックのディスク番号です。
4)「clean all」コマンドを入力します
「clean」コマンドは、パーティション データを含むディスクのセクターをゼロにします。「clean all」コマンドは、USB スティック上のすべてのデータをゼロにします。
これで、通常どおりコンテキスト メニューからフォーマットできるようになりました。
(NTFS について言及されているので、Windows システムにアクセスできることを願っています)
Linux からドライブをゼロで埋めるには、dd を利用できます。ゼロを書き込んでディスクを消去するには、次のようにします。
dd if=/dev/zero of=/dev/sda bs=4k conv=notrunc
/dev/sda はデバイス名です。
答え4
受け入れられた回答は機能しますが、やりすぎです。
MBR には、パーティション テーブルとブートローダーが含まれています。ブートフラグは別のものです。USB から起動するには、ブートローダーをインストールし、1 つのパーティションにブートフラグを設定する必要があります。ドライブを使用するには (ブート可能にするかどうかに関係なく)、パーティション テーブルが必要です。
あなたできたドライブをそのまま変更せずに使用してください (起動可能かどうかは関係ありません)。
ブートフラグの設定を解除して、起動不可能にすることもできます。
さらに、ブートローダー (最初の 446 バイト、IIRC) を削除しますが、パーティション テーブルは削除しません。その時点では、起動不可能になり、すべてのデータはそのまま残ります。
確かに、NTFS パーティションが欲しいとおっしゃっていますし、以前は NTFS ではなかったと推測できるので、いずれにしてもデータを移動して再フォーマットすることになります。