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Burrows-Wheeler Aligner のインストールに関する問題 (Linux)

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Burrows-Wheeler Aligner のインストールに関する問題 (Linux)

どうかご容赦ください。私は仮想マシンと Linux の両方を使い始めたばかりです。

BWAのインストールに問題があります（リンク) をLinux仮想マシンにインストールしました。いくつかの方法を試しましたが、最も完全な指示は、医療部門からのものでした。コーネル、しかし、私は彼らが私に何を望んでいるのかを誤解しているのかもしれません。

最新バージョン 0.7.9a を SourceForge からダウンロードし、ホーム ディレクトリのフォルダーに移動しました。ファイルへのパスは次のとおりです。

/home/jp/bwa/bwa-0.7.9a.tar.bz2

次にファイルを解凍しました:

bunzip2 bwa-0.7.9a.tar.bz2

そして、ファイルを解凍しました:

tar xvf bwa-0.7.9a.tar

次に、作成した新しいディレクトリに移動しました。

cd bwa-0.7.9a

次に「makeコマンド」を使用しました

make

ここで私は行き詰まってしまいます:

ターミナルに次のエラーが表示されます:

jp@jp-VirtualBox:~/bwa$ cd bwa-0.7.9a
jp@jp-VirtualBox:~/bwa/bwa-0.7.9a$ dir
bamlite.c   bwase.c     bwtsw2_aux.c    kopen.c    NEWS.md
bamlite.h   bwase.h     bwtsw2_chain.c  kseq.h     pemerge.c
bntseq.c    bwaseqio.c  bwtsw2_core.c   ksort.h    QSufSort.c
bntseq.h    bwtaln.c    bwtsw2.h        kstring.c      QSufSort.h
bwa.1       bwtaln.h    bwtsw2_main.c   kstring.h      qualfa2fq.pl
bwa.c       bwt.c       bwtsw2_pair.c   ksw.c      README.md
bwa.h       bwtgap.c    ChangeLog       ksw.h      utils.c
bwa-helper.js   bwtgap.h    COPYING     kthread.c      utils.h
bwamem.c    bwt_gen.c   example.c       kvec.h     xa2multi.pl
bwamem_extra.c  bwt.h       fastmap.c       main.c
bwamem.h    bwtindex.c  is.c        Makefile
bwamem_pair.c   bwt_lite.c  kbtree.h        malloc_wrap.c
bwape.c     bwt_lite.h  khash.h     malloc_wrap.h
jp@jp-VirtualBox:~/bwa/bwa-0.7.9a$ make
gcc -c -g -Wall -Wno-unused-function -O2 -DHAVE_PTHREAD -DUSE_MALLOC_WRAPPERS  utils.c -o utils.o
utils.c:33:18: fatal error: zlib.h: No such file or directory
 #include <zlib.h>
              ^
compilation terminated.
make: *** [utils.o] Error 1
jp@jp-VirtualBox:~/bwa/bwa-0.7.9a$

このエラーをどのように処理すればよいかわかりません。何をすべきかについて、何かアドバイスをいただけませんか?

2つ目の質問は、コーネル大学のウェブサイトで提供されている手順の次のステップに関するものです。

「~/.bashrcを編集してPATHにbwaを追加し、

export PATH=$PATH:/path/to/bwa-0.5.9"

.bashrc はホーム ディレクトリにあります (コマンド ラインで ls -a を使用するか、エクスプローラーで ctrl+h を使用して表示できます)。適切なコード行を含めるためにファイルを編集する方法がわかりません。つまり、ファイル内の任意の場所に貼り付けるだけでよいのでしょうか?

私は彼らの指示を、次のようなものを追加すべきだと解釈しました。

export PATH=$PATH:/home/jp/bwa/bwa-0.7.9a

しかし、それが正しいかどうかはわかりません。

次のコマンドを使用して、かなり以前のバージョン (0.5) をインストールしました。

get-apt install bwa

しかし、このプログラムの古いバージョンは使いたくありません。

皆さんが私に与えてくれるどんな助けでも、大いに感謝いたします。

ありがとう、

ホストマシン OS: Windows 7 Home Premium (64 ビット) (Service Pack 1)
仮想マシン ソフトウェア: Oracle VirtualBox バージョン 4.3.12
ゲストマシン OS: Ubuntu 14.02 (32 ビット (64 ビットでは動作しませんでした)

答え1

ZLIB ヘッダー ファイルが不足しているようです。

試す：

sudo apt-get install zlib1g-dev

または多分：

sudo apt-get install zlib-dev

最初のものが正しいはずですが、テストするための Ubuntu マシンがありません。

これで問題が解決することを願っています。

編集
Ubuntu VMを作成し、検証しましたsudo apt-get install zlib1g-dev正しいコマンドです。

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