セッションで新しいウィンドウまたは新しいペインを開くとtmux、ディレクトリは常にセッションを開始した場所になります。
多くの場合、新しいウィンドウまたは新しいペインは、切り替え元のペインの作業ディレクトリにあると予想されます。
これどうやってするの？
答え1
Unix スタック エクスチェンジのこの回答を参照してください:
https://unix.stackexchange.com/questions/12032/create-new-window-with-current-directory-in-tmux
つまり、新しいバージョンの tmux では、デフォルトで $PWD に新しいウィンドウが開かれなくなりました。これを .tmux.conf またはコマンド ラインで設定できるようになりました。