PyMOLにはAPBSツールと呼ばれるプラグインがあります（http://www.pymolwiki.org/index.php/Apbsplugin) には、3 つの異なるファイル入力が必要です。
- APBS バイナリ (apbs.exe)
- APBS psize.py ファイル
- PDB2PQR pdb2pqr.py ファイル
APBSをインストールし、apbs.exeとpsize.pyの両方をC:\APBSディレクトリに持っています。問題はPDB2PQRです。ダウンロードしました。http://sourceforge.net/projects/pdb2pqr/files/latest/download(64 ビット Windows 用バージョン 2.0.0) で内容を抽出しましたが、抽出したディレクトリに pdb2pqr.py ファイルが見つかりませんでした。また、PyMOL ユーザーのメーリング リストで、このファイルには pdb2pqr.py ファイルが含まれており、PyMOL との互換性が高い可能性があると知らされたため、pdb2pqr 1.8.0 tarball (.tar.gz) をダウンロードして内容を抽出しようとしました。ただし、この tarball はソース コードであり、コンパイルする必要がありますが、私の知る限り、Windows 7 ではコンパイルできません。
答え1
http://www.poissonboltzmann.org/
これは、テクニカル ヘルプ セクションとサポートにチャットして回答を得る最も生産的な方法です。Windows 7 でのコンパイルに関しては、完全なソース コードとコンパイル ルーチン ファイルがあれば可能です。
Windows 7 では署名されていないドライバーが受け入れられないため、ソフトウェアで障害が発生する可能性があります。また、ルート ディレクトリにインストールすると、Win 7、8 などではルート ディレクトリでのレガシー タイプのインストールがブロックされるため、これは好ましくありません。
個人的には、インストールに変更を加えて、メインのプログラム ファイル ディレクトリまたはプログラム ファイル x86 (32 ビット ソフトウェアの場合) にインストールできるかどうかを確認します。
インストールを実行するには、ドライブのセキュリティ機能を修正する必要があるかもしれません。続行する前に、この点に関する Microsoft の注意事項を読み、コンパイル前にコーディングを再確認してください。Linux / Unix サーバー ベースのシステムの場合は、仮想 Ubuntu サーバーのデュアル インストールが役に立つ場合があります。
これは一般的な情報です。質問の対象となる使用法やファイル システムについては知識がないため、アドバイスとして受け止めてください。疑問がある場合は、製造元に問い合わせてサポートを受けるのが常に最初の窓口となるはずです。