そのファイルをチェックしたところ、現在のライブラリに入力したコミックブックの名前とパスの定義やパスがなかったため、~/.confix/comix/preferences.pickle にはないことはわかっています。
この情報を保持しているファイルを知りたいので、バックアップできるようにしたいです。comix github を覗いてみたら、おそらく SQL データベースだということはわかったのですが、どれなのかわかりません。
答え1
気にしないでください。ソース内の間接参照の複雑な迷路を抜け出しました。それは ~/.local/share/comix/library.db です。