最初の列でファイルを並べ替えたいのですが、5 文字目から並べ替えを開始する必要があります。どうすればいいでしょうか?
私のファイル:
"TTTTCTTACA" 1 1
"TTTTCTTACC" 1
"TTTTCTTACT" 1 1
"TTTTCTTAGC" 1
"TTTTCTTATT" 2
"TTTTCTTCAA" 1 1 1
"TTTTCTTCAG" 1 2 1
"TTTTCTTCAT" 1 2 2
"TTTTCTTCCT" 2
"TTTTCTTCGG" 2 2
"TTTTCTTCTA" 1
"TTTTCTTCTG" 1
"TTTTCTTCTT" 1 2
"TTTTCTTGAA" 1
"TTTTCTTGCT" 1 1 1
"TTTTCTTTAA" 1
"TTTTCTTTAG" 1 1
"TTTTCTTTCT" 1
"TTTTCTTTGC" 1
"TTTTCTTTGG" 1 1
"TTTTCTTTGT" 1 1 2 1
"TTTTCTTTTA" 1
やってみた:
sort -k1,1 file | uniq -s 6 -w 5
もちろん、それは機能しません。おそらくソートにいくつかのフラグがあるのでしょうが、見つけられませんでした。何かアイデアはありますか?
答え1
要約
sort -k1.5 file | uniq -s 6 -w 5
説明
私のソートは GNU coreutils 8.22 です。私のソートのマニュアルページには次のように記載されています:
KEYDEF is F[.C][OPTS][,F[.C][OPTS]] for start and stop position, where F is a field number and C
a character position in the field; both are origin 1, and the stop position defaults to the
line's end.
したがって、現在のソート コマンドでは、sort -k1,1 file
最初の単語から最初の単語までをソートとして使用します。
必要なのは次のようになります (とにかく sort コマンドの場合):
sort -k1.5 file | uniq -s 6 -w 5
これにより、最初の単語の 5 番目の文字が使用されます。これが目的のとおりです。
答え2
$sort -k2 ファイル
"TTTTCTTCTA" 1
"TTTTCTTCCT" 2
"TTTTCTTACC" 1
"TTTTCTTATT" 2
"TTTTCTTCGG" 2 2
"TTTTCTTCTG" 1
"TTTTCTTGAA" 1
"TTTTCTTACA" 1 1
"TTTTCTTTAG" 1 1
"TTTTCTTTGG" 1 1
"TTTTCTTCAT" 1 2 2
"TTTTCTTAGC" 1
"TTTTCTTTAA" 1
"TTTTCTTTCT" 1
"TTTTCTTTGC" 1
"TTTTCTTTTA" 1
"TTTTCTTCTT" 1 2
"TTTTCTTCAA" 1 1 1
"TTTTCTTGCT" 1 1 1
"TTTTCTTCAG" 1 2 1
"TTTTCTTACT" 1 1
"TTTTCTTTGT" 1 1 2 1
$sort -k2 ファイル | uniq -f 1
"TTTTCTTCTA" 1
"TTTTCTTCCT" 2
"TTTTCTTACC" 1
"TTTTCTTATT" 2
"TTTTCTTCGG" 2 2
"TTTTCTTCTG" 1
"TTTTCTTACA" 1 1
"TTTTCTTCAT" 1 2 2
"TTTTCTTAGC" 1
"TTTTCTTCTT" 1 2
"TTTTCTTCAA" 1 1 1
"TTTTCTTCAG" 1 2 1
"TTTTCTTACT" 1 1
"TTTTCTTTGT" 1 1 2 1