
答え1
それで、その間に私は問題が何であるかを突き止め、将来誰かの役に立つかもしれないのでここに答えを残しておこうと思いました (回答のない質問は最終的には削除されると思います)。問題は確かに私がダウンロードしていたプログラム、BLAST+ に関連していました。BLAST+ の Linux バージョンを Cygwin エミュレーターで実行したい場合は、追加のソフトウェアをインストールする必要があることがわかりました。
そうする代わりに、BLAST+ には Windows バージョンがあることを知りました。そのバージョン (.exe ファイル) をダウンロードしたところ、BLAST 関数が Windows コマンド ラインから問題なく実行されるようになりました。