ENA データベースからダウンロードするデータ (fastq) が大量にあります。
Example: ERS076383 ERS012262 ERS160574 ERS349280 etc
Link to download via browser:
https://www.ebi.ac.uk/ena/data/warehouse/filereport?accession=ERS076383&result=read_run&fields=fastq_ftp&download=txt
ここで、accession= を 1 つずつ置き換えて対応する txt をダウンロードし、wget を使用して fastq に関連付けられている各 ftp リンクをダウンロードします。しかし、wget ではダウンロードできません。
i tried:
wget https://www.ebi.ac.uk/ena/data/warehouse/filereport?accession=ERS076383&result=read_run&fields=fastq_ftp&download=txt
[1] 61380
[2] 61381
[3] 61382
Redirecting output to 'wget-log'....
しかし、それは機能しません。
答え1
次のように URL を引用符で囲む必要があります。
wget 'https://www.ebi.ac.uk/ena/data/warehouse/filereport?accession=ERS076383&result=read_run&fields=fastq_ftp&download=txt'
または、アンパサンド(\&
)をエスケープします。