直接開かないと .reg ファイルをインポートできないようです。WinRAR で sfx アーカイブを作成していて、.reg ファイルをサイレントにインポートしようとしましたが、どうやっても拒否されます。アーカイブを管理者として実行し、/s コマンドライン スイッチを削除して regedit がファイルを見つけられることを確認しましたが、プロンプトがあってもまだインポートされません。RunMe プラグインを使用して Notepad++ から .reg を実行しようとしたときにも、同様のことがありました。
編集: 気にしないでください。これはローカル セキュリティ ポリシー構成の問題のようです。この奇妙な問題に遭遇した人は、リセットしてみてください。