私は Windows 7 で cygwin と fvwm を使用しており、openssh が動作しなくなったため、代わりに putty を使用しています。使用している putty は cygwin に付属しており、バージョンは 0.69 です。次のように xterm から putty を起動します。
$ putty -ssh <remote_host> -l <remote-user> 2>/dev/null &
Cygwin 内で実行する xterms では、マウスのホイールを使用して上にスクロールしても問題ありません。Cygwin 内で実行する putty クライアントでは、何らかの理由でこれが機能しません。以前のコマンドの出力を表示するには、手動で putty のスクロールを移動する必要があります。
Cygwin の Putty が、xterm と同じようにマウス ホイールに反応するようにしたいと思います。