これらは cp できないため、特別なファイルのようです。これらのファイル (およびディレクトリ) は、docker イメージ mysql/mysql-server:latest で見つかりました。これらのファイルは次のとおりです。
-rw-r----- 1 mysql mysql 196608 4月12日 17:26 #ib_16384_0.dblwr
-rw-r----- 1 mysql mysql 8585216 4月12日 17:24 #ib_16384_1.dblwr
drwxr-x--- 2 mysql mysql 4096 4月12日 17:24 #innodb_temp/