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多数の tar.gz アーカイブを操作するための bash ワークフロー

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多数の tar.gz アーカイブを操作するための bash ワークフロー

私は4つのサブディレクトリで構成されたディレクトリで作業しています

ls -t
pnmrnp40_to_69  pnmrnp9028_to_9100  pnmrnp00_to_39  pnmrnp70_to_9028

各 prmnp* サブディレクトリ内には、*.tar.gz アーカイブまたは *.md5sub (これが何なのかわからないので削除する必要があります) に属するファイルが多数あります。

charlie@Precision-7920-Tower:~/Documents/script/mega_data/pnmrnp/pnmrnp40_to_69$ ls -t
ligands57_dir_results.tar.gz.md5sum  ligands40_dir_results.tar.gz.md5sum
ligands57_dir_results.tar.gz         ligands69_dir_results.tar.gz
ligands69_dir_results.tar.gz.md5sum  ligands68_dir_results.tar.gz
ligands68_dir_results.tar.gz.md5sum  ligands67_dir_results.tar.gz
ligands67_dir_results.tar.gz.md5sum  ligands66_dir_results.tar.gz
ligands66_dir_results.tar.gz.md5sum  ligands65_dir_results.tar.gz

各サブディレクトリに移動するシンプルなbashワークフローが必要です

  1. すべての*.md5subを削除する
  2. すべての *.tar.gz を同じサブフォルダーに解凍します (元のアーカイブの名前は保持します)。

これが bash での私のワークフローです:

#!/bin/bash
# assuming that the script is in the folder contained all subdirectories
dir="$PWD"

# loop each subdirectory
for subdir in ${dir}
cd ${subdir}
# unzip each archive to the same place
for tar in *.tar.gz; do
tar xzvf $tar
done
# return to initial dir
cd ..
done

このスクリプトをより効率的にして、非常に多数のアーカイブに適応できるようにする可能性はありますか?

答え1

find(1):

...
       -execdir command ;

       -execdir command {} +
              Like -exec, but the specified command is run from the
              subdirectory containing the matched file, which is not normally
              the directory in which you started find.  As with -exec, the {}
              should be quoted if find is being invoked from a shell.  This a
              much more secure method for invoking commands, as it avoids race
              conditions during resolution of the paths to the matched files.
              As with the -exec action, the `+' form of -execdir will build a
              command line to process more than one matched file, but any
              given invocation of command will only list files that exist in
              the same subdirectory.  If you use this option, you must ensure
              that your $PATH environment variable does not reference `.';
              otherwise, an attacker can run any commands they like by leaving
              an appropriately-named file in a directory in which you will run
              -execdir.  The same applies to having entries in $PATH which are
              empty or which are not absolute directory names.  If any
              invocation with the `+' form returns a non-zero value as exit
              status, then find returns a non-zero exit status.  If find
              encounters an error, this can sometimes cause an immediate exit,
              so some pending commands may not be run at all.  The result of
              the action depends on whether the + or the ; variant is being
              used; -execdir command {} + always returns true, while
              -execdir command {} ; returns true only if command returns 0.
...

find -type f -name '*.tar.gz' -execdir tar xvf {} \;

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