次のようなデータがあります:
Sample_1 Apples Red
Sample_2 Apples Red
Sample_3 Apples Red
Sample_4 Apples Red
Sample_5 Apples Red
Sample_6 Apples Green
Sample_7 Apples Green
Sample_8 Apples Green
Sample_9 Apples Green
Sample_10 Apples Green
Sample_11 Apples Yellow
Sample_12 Apples Yellow
Sample_13 Apples Yellow
Sample_14 Apples Yellow
Sample_15 Apples Yellow
他の 2 つの列から形成されたグループの組み合わせに基づいて最初の列からサンプルを繰り返し取得し、サンプル 1 ~ 5、6 ~ 10、および 11 ~ 15 を取得するにはどうすればよいでしょうか。
最終的にやりたいことは、サンプルのリスト(上記のグループなど)を別のコマンドへの入力として取得することです。例:
comm -23 <(sort <all_samples.txt>) <(sort <[input from above]>) > <difference.txt>
私が試してみました:
awk '{print $2"\t"$3}' <file.txt> | uniq
2 列目と 3 列目の一意の組み合わせを取得しますが、これを使用して何もできないようです。特に、必要な最初の列を取得することはできません。
答え1
これがあなたがやろうとしていることですか?
$ awk '{vals[$2 FS $3] = vals[$2 FS $3] OFS $1} END{for (key in vals) print key vals[key]}' file
Apples Red Sample_1 Sample_2 Sample_3 Sample_4 Sample_5
Apples Green Sample_6 Sample_7 Sample_8 Sample_9 Sample_10
Apples Yellow Sample_11 Sample_12 Sample_13 Sample_14 Sample_15
それともこれでしょうか?
$ awk -v fruit='Apples' -v color='Green' '($2==fruit) && ($3==color)' file
Sample_6 Apples Green
Sample_7 Apples Green
Sample_8 Apples Green
Sample_9 Apples Green
Sample_10 Apples Green
答え2
これは、入力を解析し、ニーズに合うと思われるデータの転置を出力する gawk スクリプトの簡単な例です。
#!/usr/bin/gawk -f
# Checks if type (column 2) or subtype (column 3) are
# different from previous line.
(type != $2) || (subtype != $3) {
# Prints the start of a new output line.
# The NR!=1 check avoids that a new line is
# printed on the first line.
printf("%s%s\t%s\t", (NR!=1)?"\n":"", $2, $3);
type=$2;
subtype=$3
}
{
# Prints all sample (column 1) values on the
# current output line.
printf("\"%s\" ", $1);
}
# prints a new line at the end of file.
END{
print "";
}
の出力はscript.awk < input.lst
次のようになります。 はscript.awk
前のスクリプトで、input.lst
は入力例です。
Apples Red "Sample_1" "Sample_2" "Sample_3" "Sample_4" "Sample_5"
Apples Green "Sample_6" "Sample_7" "Sample_8" "Sample_9" "Sample_10"
Apples Yellow "Sample_11" "Sample_12" "Sample_13" "Sample_14" "Sample_15"
スクリプトの出力は次のように簡単に操作できます。
script.awk < input.lst | while read TYPE SUBTYPE LIST
do
echo $TYPE
echo $SUBTYPE
for ITEM in $LIST
do
echo execute some command on $ITEM where type is $TYPE and subtype is $SUBTYPE
done
done
このスクリプトは非常に大まかであることに注意してください。たとえば、エラー処理はなく、入力内の空白や特殊文字のチェックもありません。
答え3
以下のスクリプトを試したところ、問題なく動作しました
for i in "Apples"; do for j in "Red" "Green" "Yellow"; do awk -v i="$i" -v j="$j" 'BEGIN{print "Below are table contains" " " i " and " " " j}$2==i && $NF==j{print $0}' filename; done; done
出力
Below are table contains Apples and Red
Sample_1 Apples Red
Sample_2 Apples Red
Sample_3 Apples Red
Sample_4 Apples Red
Sample_5 Apples Red
Below are table contains Apples and Green
Sample_6 Apples Green
Sample_7 Apples Green
Sample_8 Apples Green
Sample_9 Apples Green
Sample_10 Apples Green
Below are table contains Apples and Yellow
Sample_11 Apples Yellow
Sample_12 Apples Yellow
Sample_13 Apples Yellow
Sample_14 Apples Yellow
Sample_15 Apples Yellow