☰

あるファイル内の一致する文字列を別のファイル内の一致する文字列に置き換えるにはどうすればよいでしょうか?

tag-icon • tag-icon text-processing awk bioinformatics
あるファイル内の一致する文字列を別のファイル内の一致する文字列に置き換えるにはどうすればよいでしょうか?

次のようなファイルがあります:

head cleandata.map
1   1:775852:T:C    0   775852
1   1:1120590:A:C   0   1120590
1   1:1145994:T:C   0   1145994
1   1:1148494:A:G   0   1148494
...

そして別のファイル:

head lifted.map
1   1:775852:T:C    0.0 785989
1   1:1120590:A:C   0.0 1130727
1   1:1145994:T:C   0.0 1156131
1   1:1148494:A:G   0.0 1158631
...

私が取得したいのは、次のようになる cleandata.map を変更したものです。

1   1:785989:T:C    0   785989
1   1:1130727:A:C   0   1130727
1   1:1156131:T:C   0   1156131
1   1:1158631:A:G   0   1158631
...

したがって、lifted.map の 2 列目の行が cleandata.map の 2 列目の行と一致する場合は、cleandata.map の 2 列目と 4 列目の行を lifted.map の 4 列目の値に置き換えます。

答え1

試す

$ awk 'FNR==NR {T[$2] = $4; next} $2 in T {gsub ($4, T[$2])} 1' file2 file1
1   1:785989:T:C    0   785989
1   1:1130727:A:C   0   1130727
1   1:1156131:T:C   0   1156131
1   1:1158631:A:G   0   1158631

関連情報