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複数のファイルを読み取るための Bash スクリプト

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複数のファイルを読み取るための Bash スクリプト

読み取る R スクリプトが複数あります (最大 3 つ、つまり tr1.R、tr2.R、tr3.R)。1
つのスクリプトを読み込むための bash スクリプトを以下に示します。

#!/bin/bash
#PBS -l nodes=1:ppn=10,walltime=00:05:00
#PBS -M 
#PBS -m e
module load R/4.0
Rscript ~/tr1.R

私は提案に従って次のことを試しました@カス

#!/bin/bash
#PBS -l nodes=1:ppn=10,walltime=00:05:00
#PBS -M 
#PBS -m e
module load R/4.0
**Rscript ~/tr"$i".R**

さらに、ジョブは

for i in {1..3} ; do
  qsub -o "default.$i.out" -e "errorfile$i" -v i script.sh
done

これは読み取れませんでしたRスクリプト ~/tr"$i".R。

答え1

これは簡単です:

#!/bin/bash

echo -e "Printing script.......\n"

y=0
for (( y=0; y <= 9; y++ ))
do
   echo "file tr$y.R contents: "
   cat tr$y.R
   echo ""   
done

答え2

これをRで次のように解いてみます。

組み合わせ.R:

source (tr1.R)
source (tr2.R)
source (tr3.R)

またはこのように。

組み合わせ.R:

for (i in c(1:9)) {
    filename <- paste ("tr", i, ".R", sep="")
    if (file.exists (filename)) {
        source (filename)
    }
}

そして、以下をロードできますcombined.R:

#!/bin/bash
#PBS -l nodes=1:ppn=10,walltime=00:05:00
#PBS -M 
#PBS -m e
module load R/4.0
Rscript ~/combined.R

ああ、ジョブを並列で実行したいのですね。私が投稿した解決策ではジョブを並列で実行できませんが、ここに答えを残しておきます。誰かの役に立つかもしれません。次のようなものを適用できるかもしれません。https://www.blasbenito.com/post/02_parallelizing_loops_with_r/またはこれhttps://stackoverflow.com/questions/38318139/run-a-for-loop-in-parallel-in-r。

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