テキストファイルテーブルを解析して情報を集約する

Question

スペースで区切られた次の列を含む長いテキスト ファイルがあります。

Id            Pos Ref  Var  Cn   SF:R1   SR  He  Ho NC       
cm|371443199  22  G     A    R   Pass:8   0   1  0  0       
cm|371443199  25  C     A    M   Pass:13  0   0  1  0
cm|371443199  22  G     A    R   Pass:8   0   1  0  0        
cm|367079424  17  C     G    S   Pass:19  0   0  1  0      
cm|371443198  17  G     A    R   Pass:18  0   1  0  0       
cm|367079424  17  G     A    R   Pass:18  0   0  1  0 

以下の各一意の ID とカウントをリストするテーブルを生成したいと思います。

• そのIDが何回発生したか
• そのうち何行が通過したか（列6）
• 価値があったものは何個かHe（列8）
• 価値があったものは何個かHo（列9）

この場合：

Id            CountId  Countpass   CountHe CountHO
cm|371443199   3        3          2        1
cm|367079424   2        2          0        2

そのテーブルを生成するにはどうすればいいでしょうか?

Answer 1

perl質問の内容を想定して使用する 1 つの方法infile(ID はハッシュを使用して保存するため、出力では必ずしも同じ順序になるわけではありません)。

の内容script.pl：

use strict;
use warnings;

my (%data);

while ( <> ) { 

    ## Omit header.
    next if $. == 1;

    ## Remove last '\n'.
    chomp;

    ## Split line in spaces.
    my @f = split;

    ## If this ID exists, get previously values and add values of this
    ## line to them. Otherwise, begin to count now.
    my @counts = exists $data{ $f[0] } ? @{ $data{ $f[0] } } : (); 
    $counts[0]++;
    $counts[1]++ if substr( $f[5], 0, 4 ) eq q|Pass|;
    $counts[2] += $f[7];
    $counts[3] += $f[8];
    splice @{ $data{ $f[0] } }, 0, @{ $data{ $f[0] } }, @counts; 
}

## Format output.
my $print_format = qq|%-15s %-10s %-12s %-10s %-10s\n|;

## Print header.
printf $print_format, qw|Id CountId CountPass CountHe CountHo|;

## For every ID saved in the hash print acumulated values.
for my $id ( keys %data ) { 
    printf $print_format, $id, @{ $data{ $id } };
}

次のように実行します:

perl script.pl infile

出力は次のようになります。

Id              CountId    CountPass    CountHe    CountHo   
cm|371443198    1          1            1          0         
cm|371443199    3          3            2          1         
cm|367079424    2          2            0          2

Answer 2

ここでは、 のソリューションを示します。このソリューションでは、awk4 つの配列を使用して、必要な 4 つの情報をカウントします。 からの出力はawkに入力され、列が適切に整列されます。 ( では、を使用しcolumnてこれを行うこともできます。)awkprintf

awk 'NR>1 {
    id[$1]++
    if($6 ~ /Pass/) pass[$1]++
    if($8 ~ /1/) he[$1]++
    if($9 ~ /1/) ho[$1]++
} 
END {
   print "Id CountId Countpass CountHe CountHO"
   for(i in id)
      print i" "id[i]" "(pass[i]?pass[i]:0)" "(he[i]?he[i]:0)" "(ho[i]?ho[i]:0)
}' input.txt | column -t

出力：

Id            CountId  Countpass  CountHe  CountHO
cm|371443198  1        1          1        0
cm|371443199  3        3          2        1
cm|367079424  2        2          0        2