マニュアルと多くの投稿によれば、次のことができるはずです:
biber --output_format=bibtex test.bcf
そして、test.tex で引用されたすべてのエントリを引用順に含む、test_biber.bib という新しい .bib ファイルが作成されます。しかし、これを実行すると、次のようになります。
Biber: Output format 'bibtex' is only valid in tool mode
そこで --tool を追加しましたが、biber は bib ファイルを期待し、test.bcf.bib を探します。そのため、動作しません。また、mybibfile.bib を引数として使用すると、mybibfile_biber.bib がより適切な形式で書き換えられます。何か間違っているのでしょうか?