まったくの偶然ですが、Texshop では、ソース ファイルのエンコードをコメントでエンコードして、エディターのデフォルトの入力エンコードを上書きできることを発見しました。たとえば、次のようになります。
% !TEX encoding = latin1
root複数ファイルプロジェクトのメインドキュメントを設定するコマンド（ ）については既に知っていました% !TEX root = ...。その後、カスタム「タグ」機能についても知りました。次のような行を追加すると、
%: tag name
ソースでは、Texshop はtag name「タグ」メニュー (メニュー バーではなく、ドキュメントの上部で使用可能) にタグを含め、その場所に簡単にジャンプできるようにします。
他にはどのようなコマンドが利用できますか? 「ヒントとコツ」ドキュメント (Texshop ヘルプ メニューから利用可能) には、さらにいくつか簡単に触れられていますが、encoding触れられていないため、明らかに不完全です。