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オックスフォード バイオインフォマティクス LaTeX テンプレートを使用して相互参照を色分けするにはどうすればよいですか?

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オックスフォード バイオインフォマティクス LaTeX テンプレートを使用して相互参照を色分けするにはどうすればよいですか?

私は、次の場所で入手可能なオックスフォード バイオインフォマティクス LaTeX テンプレートを使用します:

http://www.oxfordjournals.org/our_journals/bioinformatics/for_authors/cabios-template.zip

メイン ファイルの内容は、メソッド セクションにパッケージと空のテーブルを追加することによってのみ変更されます。

hyperref パッケージ (行 6) をロードすると、エラーが発生します。Package calc Error: 'D' invalid at this point.

この LaTeX テンプレートで hyperref を使用することは可能ですか?

ご協力いただきありがとうございます

注記：テンプレートを sharelatex に置いておいたので、ライブテストすることができます (2 回のコンパイルが必要です):https://fr.sharelatex.com/project/582c3477343d34b37017330e

\documentclass{bioinfo}
\usepackage{caption, slashbox,multirow}
\usepackage{algorithm,algorithmicx}
\usepackage{amsmath,mathtools}
\usepackage{lmodern,microtype}
%\usepackage[unicode,colorlinks,citecolor={blue},urlcolor={blue},breaklinks]{hyperref}
\usepackage{hypcap}
\copyrightyear{2015} \pubyear{2015}
\access{Advance Access Publication Date: Day Month Year}
\appnotes{Manuscript Category}

\begin{document}
\firstpage{1}

\subtitle{Subject Section}

\title[short Title]{This is a title}
\author[Foo \textit{et~al}]{Foo\,$^{\text{\sfb1,2,3,}*}$ \footnote{to whom correspondence should be addressed}}
\address{Bar}


\corresp{$^\ast$To whom correspondence should be addressed.}

\history{Received on XXXXX; revised on XXXXX; accepted on XXXXX}

\editor{Associate Editor: XXXXXXX}

\abstract{\textbf{Motivation:} Text Text Text Text Text Text Text Text Text Text Text Text Text
Text Text Text Text Text Text Text Text Text Text Text Text Text Text Text Text Text Text Text
Text Text Text Text Text Text Text Text Text Text Text Text Text Text Text Text Text Text Text
Text Text Text Text Text Text
Text Text Text Text Text.\\
\textbf{Results:} Text  Text Text Text Text Text Text Text Text Text  Text Text Text Text Text
Text Text Text Text Text Text Text Text Text Text Text Text Text  Text Text Text Text Text Text\\
\textbf{Availability:} Text  Text Text Text Text Text Text Text Text Text  Text Text Text Text
Text Text Text Text Text Text Text Text Text Text Text Text Text Text  Text\\
\textbf{Contact:} \href{[email protected]}{[email protected]}\\
\textbf{Supplementary information:} Supplementary data are available at \textit{Bioinformatics}
online.}

\maketitle

\section{Introduction}

\section{Approach}


\begin{methods}
\section{Methods}

Table~\ref{table:new}

\begin{table*}[!ht]
    \processtable{A table \label{table:new}}{}{This is a footnote}
\end{table*}

\end{methods}



\section{Discussion}

%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%
%
%     please remove the " % " symbol from \centerline{\includegraphics{fig01.eps}}
%     as it may ignore the figures.
%
%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%


\section{Conclusion}



\section*{Acknowledgements}

\section*{Funding}

This work has been supported by the... Text Text  Text Text.\vspace*{-12pt}

\bibliographystyle{natbib}
%\bibliographystyle{achemnat}
%\bibliographystyle{plainnat}
%\bibliographystyle{abbrv}
%\bibliographystyle{bioinformatics}
%
%\bibliographystyle{plain}
%
%\bibliography{Document}
\bibliography{document}

\end{document}

答え1

追加

\let\href\undefined

直前\usepackage{hyperref}。

この問題を特定してくれたダイ・ボーエン氏と、同様の解決策を提供してくれたステファン・コットウィッツ氏に感謝します。「パッケージにパッチを適用する方法」。

答え2

解決策 #3 へのコメント: ( \let\href\undefined): pdflatex でコンパイルすると機能しません。hyperrefパッケージが と競合しbioinfo.cls、余白が設定されないため、用紙が完全にフォーマットされません。

私が見つけた解決策は次のとおりです。

\let\href\undefined
\usepckage[divpdfm]{hyperref}

そして、LaTeX でコンパイルし、後で を作成しますdvipdfm your_file.dvi。追加の副作用として、 パッケージを使用する場合、図のグラフィック形式としてgraphicxを使用する必要があります( 、などではありません)。形式を変更するために使用できる多くのプログラムの 1 つに、ImakeMagik パッケージの コマンドがあります。.eps.png.jpgconvert

答え3

Overleafではテンプレートバイオインフォマティクスジャーナルのもので、パッケージとうまく連携しているようですhyperref。

.zipバイオインフォマティクスの Web サイトからダウンロードしたテンプレートと比較したところ、 がchngpage.sty原因であることがわかりました。(バージョン 1.1b という古いバージョンですが、バージョン 1.2 では にいくつかの変更が加えられていますhyperref。)

.styしたがって、ダウンロードしたテンプレート内のすべてのファイルを削除することをお勧めします。

答え4

受け入れられた解決策は私にはうまくいきませんでした。しかし、この問題に対処する最も簡単な方法は、次のように引用の色を手動で変更することだとわかりました。

\renewcommand{\cite}[1]{{\color{blue} \textsc{\citeauthor{#1}} (\citeyear{#1})}} \renewcommand{\citep}[1]{({\color{blue} \textsc{\citeauthor{#1}} \citeyear{#1}})}

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