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TeXshade パッケージ - コンセンサスに「-」が含まれている場合、定規の位置が失われます

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TeXshade パッケージ - コンセンサスに「-」が含まれている場合、定規の位置が失われます

私は texshade パッケージを使用していますが、問題が発生しました。誰かが助けてくれることを期待しています。

変異した抗体配列を変異していない生殖細胞系前駆体と比較するために、多様なシェーディング モードを使用しています。生殖細胞系と比較して抗体配列に挿入があります。挿入を「-」で表すと、定規がその時点で番号付け位置を見逃してしまいます。これを修正する方法を知っている人はいますか?

ご協力をよろしくお願いいたします。

テックスコード:

\documentclass[10pt]{article}
\usepackage{texshade}
\headheight=0pt
\headsep=0pt
\hoffset=0pt
\voffset=0pt
\paperwidth=8.27in
\paperheight=11.69in
\ifx\pdfoutput\undefined
\relax
\else
\pdfpagewidth=\paperwidth
\pdfpageheight=\paperheight
\fi
\oddsidemargin=-0.25in
\topmargin=0.3in
\textwidth=7in
\textheight=11.62in
\pagestyle{empty}
\begin{document}
\newline
\begin{texshade}{aligned.heavy.fasta}
\setsize{features}{footnotesize}
\shadingmode{diverse}
\hidenumbering
\showruler{1}{top}
\setsize{ruler}{scriptsize}
\rulersteps{1}
\shownames{left}
\end{texshade}
\end{document}

そして、aligned.heavy.fasta ファイル:

>germline_comparator
EEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEE-EEEEEEEEEEEEEEE
>seq1
EEEEQEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEETEEEEEEEEEEEEEEE
>seq2
EEEEQEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEAEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEETEEEEEEEEEEEEEEE
>seq3
EEEEQEEEEEEEEEEEEFEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEETEEEEEEEEEEEEEEE

答え1

2 行目にギャップなしでダミー シーケンスを追加できます。

>Dummy
XXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXX

そして、次のコマンドを使用します。

\showruler{2}{top}
\hideseq{2}

番号付けに使用し、表示されないようにします。これにより番号付けが修正されます。

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