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文字列によるファイルのフィルタリング

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文字列によるファイルのフィルタリング

次のようなファイルがあります

a   0   gene1   56  0   6S32M12S    *
b   256 gene2   56  0   6S32M12S    *
c   256 gene3   55  0   6S27M17S    *
d   16  gene4   110 9   19S25M6S    *
e   272 gene5   141 9   23S21M6S    *
f   272 gene6   139 9   24S20M6S    *
g   0   gene7   38  1   6S44M   *
h   256 gene8   38  1   6S44M   *
I   256 gene9   38  1   6S44M   *
j   256 gene10  40  1   8S42M   *

6 列目は、フィルター処理する文字列です。基本的に、文字列に 16S 以上の一致 (つまり、16S、17S、18S、19S など) が含まれている場合は、それらの行を報告します。どうすればよいでしょうか。上記の例の出力は次のようになります。

c   256 gene3   55  0   6S27M17S    *
d   16  gene4   110 9   19S25M6S    *
e   272 gene5   141 9   23S21M6S    *
f   272 gene6   139 9   24S20M6S    *

大きなファイルから抜粋した小さなスニペットをお見せしました。

答え1

perl -ane 'print if grep {$_ >= 16} ($F[5] =~ /(\d+)S/g)' file

出力

c   256 gene3   55  0   6S27M17S    *
d   16  gene4   110 9   19S25M6S    *
e   272 gene5   141 9   23S21M6S    *
f   272 gene6   139 9   24S20M6S    *

これにより、6 番目のフィールドで「S」が続くすべての数字が検索されます。16 以上の場合は、その行が出力されます。

探す-n​perldoc perlrun

Perlがワンライナーで何をしているかを見るためのクールな方法の1つは、オプションを追加することです。-MO=Deparse

$ perl -MO=Deparse -ane 'print if grep {$_ >= 16} ($F[5] =~ /(\d+)S/g)'
LINE: while (defined($_ = <ARGV>)) {
    our(@F) = split(' ', $_, 0);
    print $_ if grep {$_ >= 16;} $F[5] =~ /(\d+)S/g;
}
-e syntax OK

見る
http://perldoc.perl.org/B/Deparse.html
翻訳元:

ワンライナーをスクリプトに拡張して説明します。

#!/usr/bin/env perl
my $filename = shift @ARGV;
open my $fh, '<', $filename or die $!;
while (defined($_ = <$fh>)) {
    my @F = split(' ', $_, 0);
    my @s_numbers = $F[5] =~ /(\d+)S/g;
    if (grep {$_ >= 16;} @s_numbers) {
        print $_;
    }
}
close $fh;

答え2

2 番目Sも重要であると仮定します。

awk '{
split ($6, nums, /S([0-9]+M)?/); 
for (i in nums) 
  if (nums[i] > 16) 
    { print; next }
}' test.txt

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