複数のファイルで grep を実行しても、期待どおりの出力が得られない問題

2024-3-25 • tag-icon

私はファイルに対して以下のコマンドを使用して、chr# (異なる染色体番号) に基づいて数行を抽出しています。これは、作業中の単一のファイルです。このようなファイルが 8 つあり、各ファイルに対して chr(1 から 22、次に chrX と chrY) に対してこれを行う必要があります。ループは使用せず、個別に実行しましたが、出力ごとにヘッダーをそのままにしておきたいと思います。個別に実行すると出力にヘッダーが含まれますが、8 つのファイルすべてに対してスクリプトをまとめて実行すると (スクリプト内で 8*24 のコマンドが次々に実行されるようなもの)、出力にヘッダーが含まれません。なぜこのようなことが起こるのか教えていただけますか?

#!/bin/sh
#
#$ -N DOC_gatk_chr
#$ -cwd
#$ -e err_DOC_gatk_chr.txt
#$ -o out_DOC_gatk_chr.txt
#$ -S /bin/sh
#$ -M [email protected]
#$ -m bea
#$ -l h_vmem=25G

more S_313_IPS_S7995.coverage.sample_interval_summary | head -n1; more S_313_IPS_S7995.coverage.sample_interval_summary | grep "chr1" > S_313_IPS_S7995.chr1.coverage
more S_313_IPS_S7995.coverage.sample_interval_summary | head -n1; more S_313_IPS_S7995.coverage.sample_interval_summary | grep "chr2" > S_313_IPS_S7995.chr2.coverage
more S_313_IPS_S7995.coverage.sample_interval_summary | head -n1; more S_313_IPS_S7995.coverage.sample_interval_summary | grep "chr3" > S_313_IPS_S7995.chr3.coverage
more S_313_IPS_S7995.coverage.sample_interval_summary | head -n1; more S_313_IPS_S7995.coverage.sample_interval_summary | grep "chr4" > S_313_IPS_S7995.chr4.coverage
more S_313_IPS_S7995.coverage.sample_interval_summary | head -n1; more S_313_IPS_S7995.coverage.sample_interval_summary | grep "chr5" > S_313_IPS_S7995.chr5.coverage
more S_313_IPS_S7995.coverage.sample_interval_summary | head -n1; more S_313_IPS_S7995.coverage.sample_interval_summary | grep "chr6" > S_313_IPS_S7995.chr6.coverage
more S_313_IPS_S7995.coverage.sample_interval_summary | head -n1; more S_313_IPS_S7995.coverage.sample_interval_summary | grep "chr7" > S_313_IPS_S7995.chr7.coverage
more S_313_IPS_S7995.coverage.sample_interval_summary | head -n1; more S_313_IPS_S7995.coverage.sample_interval_summary | grep "chr8" > S_313_IPS_S7995.chr8.coverage
more S_313_IPS_S7995.coverage.sample_interval_summary | head -n1; more S_313_IPS_S7995.coverage.sample_interval_summary | grep "chr9" > S_313_IPS_S7995.chr9.coverage

qsub でジョブとして実行しているので、スクリプトの構造は上記のようになります。コマンドを個別に実行すると機能しますが、このように実行すると、ヘッダーが出力ファイルに印刷されません。 ';' が認識されないようです。qsub filename.sh と sh filename.sh の両方で実行してみました。sh filename.sh では、ヘッダーがコンソールに印刷されることがわかりました。したがって、';' セミコロンの前のコマンドはファイルに書き込まれていないことは間違いありません。この問題を解決するにはどうすればよいでしょうか。

望ましい出力:

Target  total_coverage  average_coverage    IPS_S7995_total_cvg IPS_S7995_mean_cvg  IPS_S7995_granular_Q1   IPS_S7995_granular_median   IPS_S7995_granular_Q3   IPS_S7995_%_above_15
chr2:41460-41683    14271   63.71   14271   63.71   56  67  79  100.0
chr2:45338-46352    123888  122.06  123888  122.06  79  123 147 94.6
chr2:218731-218983  11653   46.06   11653   46.06   36  50  55  100.0
chr2:224825-225012  12319   65.53   12319   65.53   57  68  76  100.0
chr2:229912-230090  20983   117.22  20983   117.22  93  120 147 100.0
chr2:230947-231137  22386   117.20  22386   117.20  100 120 139 100.0
chr2:233074-233258  11710   63.30   11710   63.30   54  66  73  100.0
chr2:234086-234300  22952   106.75  22952   106.75  91  113 126 100.0
chr2:242747-242922  20496   116.45  20496   116.45  93  124 142 100.0
chr2:243469-243671  27074   133.37  27074   133.37  126 138 148 100.0

しかし、出力は以下の通りで、ヘッダーはありません

chr2:41460-41683    14271   63.71   14271   63.71   56  67  79  100.0
chr2:45338-46352    123888  122.06  123888  122.06  79  123 147 94.6
chr2:218731-218983  11653   46.06   11653   46.06   36  50  55  100.0
chr2:224825-225012  12319   65.53   12319   65.53   57  68  76  100.0
chr2:229912-230090  20983   117.22  20983   117.22  93  120 147 100.0
chr2:230947-231137  22386   117.20  22386   117.20  100 120 139 100.0
chr2:233074-233258  11710   63.30   11710   63.30   54  66  73  100.0
chr2:234086-234300  22952   106.75  22952   106.75  91  113 126 100.0
chr2:242747-242922  20496   116.45  20496   116.45  93  124 142 100.0
chr2:243469-243671  27074   133.37  27074   133.37  126 138 148 100.0

答え1

次のようなものが必要です:

{ head -n1 S_313_IPS_S7995.coverage.sample_interval_summary; 
  grep "chr1" S_313_IPS_S7995.coverage.sample_interval_summary; } >S_313_IPS_S7995.chr1.coverage

または

awk 'NR==1 || /chr1/' S_313_IPS_S7995.coverage.sample_interval_summary >S_313_IPS_S7995.chr1.coverage

問題は、リダイレクトが 1 つのコマンドにしか影響しないことです。との出力をリダイレクトで取得するにはhead、それらをグループ化する必要があります。しかし、ここではおそらくこれがより良い選択です。grepawk

答え1

関連情報