LaTeX は、PATH が指定されているにもかかわらず、コマンドを bash に渡すことができません。たとえば、texcountディレクトリ にある を呼び出そうとしています/Library/TeX/textbin。 を確認するとecho $PATH、出力は次のようになります。
/Library/TeX/textbin:/opt/local/bin:/opt/local/sbin:/Applications/Inkscape.app/Contents/Resources/bin:/usr/local/bin:/usr/bin:/bin:/usr/sbin:/sbin:/opt/X11/bin
MacOS ターミナルから実行した場合でもtexcount、問題なく動作します。ただし、コマンドを次のように定義した場合は動作しません。
\NewDocumentCommand\wordcount{s}{\immediate\write18{texcount}}
代わりに、完全な PATH を として指定すると\NewDocumentCommand\wordcount{s}{\immediate\write18{/Library/TeX/textbin/texcount}}、正常に動作します。