最小限の例を想定します。
\documentclass{minimal}
\usepackage{lmodern}
\usepackage[T1]{fontenc}
%\usepackage[french]{babel}
\begin{document}
A.
\end{document}
いつないtexlive-fonts-recommended をインストールすると、metafont が EC フォントから tfm ファイルを生成しようとして失敗することがわかります。LaTeX 実行からのログ ファイルは提供できますが、エラー メッセージは明確です。
lmodern フォントには独自の tfm ファイル セットがあります。そのため、システムが別のフォント セットからメトリック ファイルを作成しようとする理由がわかりません。説明していただけますか?