の問題私はその間に自分自身を解決しましたが、質問残ります。\flalign* 環境で \text{} ラッパーを忘れたため、前述のエラーが発生しました。数式部分は \text{} でラップされていません (当然です)。これは明らかに次の疑問を引き起こします: LaTeX はどのようにして数式とテキストを判別できるのでしょうか? エラーの原因はプレーンテキストや位置、列ではありません。次のコードは無害です。
\begin{flalign*}
\omega=omega && \phi=phi && comment
\end{flalign*}
また、私の \ref{} リンクはどちらも MWE では問題を起こしません。そして、それら以外はすべてプレーンテキストでした。何が問題を引き起こしていたのか、何か考えはありますか? (注: すべては amsmath の系/証明環境内にもあります。)