現在のコードでは、ドキュメントに同じ参照が 2 回記載されています。
\PassOptionsToPackage{square,numbers,comma,sort&compress,super}{natbib}
\documentclass[aps,prl, twocolumn, a4paper,superscriptaddress]{revtex4-2}
\usepackage{multibib}
\begin{document}
\bibliographystyle{plainnat}
\bibliography{mybib1}
\bibliographystylerec{plainnat}
\bibliography{mybib2}
\end{document}