plot コマンドと epslatex ターミナルを使用してデータ マトリックスをプロットすると、生成された画像は正確です。ただし、生成された LaTeX ファイルはソース パス (つまり 'Date/data_file.txt') も出力します。
なぜそうなるのか、何か考えはありますか?
set terminal epslatex color size 4in,1.5in
set xrange[ 0:1000 ]
set yrange[ 200:0 ]
set output 'my_file.tex'
plot 'Data/data_file.txt' using 1:2:3 matrix w image