ベッドツールを使用した BAM からベッドへの複数の変換

Question

私は10個の.bamファイル（バイオインフォマティクス形式）を持っており、それを10個の.bedファイルに変換したいのですが、この変換には特別なコマンドを使用する必要があります。

bedtools bamTobed -i (input file) > output file.bed

Answer 1

質問はあまり明確ではありませんが、このシェル コマンドが役立つかもしれません。

for x in *.bam; do
    bedtools bamTobed -i "$x" >"${x%.bam}.bed"
done

Answer 2

次のようなことができます:

parallel --jobs <int> "bamToBed -i {} > {.}.bed" ::: *.bam