サイトをバックアップしてから、別のコントロール パネルを使用してサーバーを完全にやり直し、別のディレクトリ構造 /var/www/vhosts/user/site.com/httpdocs を作成しました。ファイルを httpdocs フォルダーに配置し、データベースを正しく元に戻しました (そう思います)。メイン ページは表示されますが、リンクをクリックすると「見つかりません」というメッセージが表示されます。update.php を実行してみましたが、/user/login にもアクセスできません。
答え1
Apache で mod_rewrite が有効になっていないようです。これは Drupal でクリーン URL を有効にするために必要です。必ず有効にしてください。Ubuntu では a2enmod rewrite で問題ありません。
?q=user/login にアクセスして、サイトにログインできるかどうかを確認してください。