Debian Jessie では、systemd は正常に動作しているようです。
$ sudo systemctl enable shibd.service
Synchronizing state for shibd.service with sysvinit using update-rc.d...
Executing /usr/sbin/update-rc.d shibd defaults
Executing /usr/sbin/update-rc.d shibd enable
「start」、「stop」、「status」コマンドはすべて機能します。
しかし、is-enabled コマンドは失敗します。
$ sudo systemctl is-enabled shibd.service
Failed to get unit file state for shibd.service: No such file or directory
一方、sssd では、ssh も 'is-enabled' で動作します。
$ sudo systemctl is-enabled sssd.service
enabled
Puppet は実行ごとにサービスを再度有効にしようとするため、この問題を解決したいと思います。