Mongodbデータファイルがコピー時に破損しました

2024-6-23 • tag-icon

簡単な解決策があると確信しています。私は次のように Mongodb サービスを実行しています。

[Unit]
Description=Mongo server for Open Quartermaster. Version ${version}, using MongoDB tagged to "4".
Documentation=https://github.com/Epic-Breakfast-Productions/OpenQuarterMaster/tree/main/software/Infrastructure
After=docker.service
Wants=network-online.target docker.socket
Requires=docker.socket

[Service]
Type=simple
Restart=always
TimeoutSec=5m

#ExecStartPre=/bin/bash -c "/usr/bin/docker container inspect oqm_mongo 2> /dev/null || "
ExecStartPre=/bin/bash -c "/usr/bin/docker stop -t 10 oqm_infra_mongo || echo 'Could not stop mongo container'"
ExecStartPre=/bin/bash -c "/usr/bin/docker rm oqm_infra_mongo || echo 'Could not remove mongo container'"
ExecStartPre=/bin/bash -c "/usr/bin/docker pull mongo:4"

ExecStart=/bin/bash -c "/usr/bin/docker run \
                                 --name oqm_infra_mongo \
                                 -p=27017:27017 \
                                 -v /data/oqm/db/mongo/:/data/db  \
                                 mongo:4 mongod --replSet rs0"
ExecStartPost=/bin/bash -c "running=\"false\"; \
                            while [ \"$running\" != \"true\" ]; do \
                                sleep 1s; \
                                /usr/bin/docker exec oqm_infra_mongo mongo --eval \"\"; \
                                if [ \"$?\" = \"0\" ]; then \
                                    echo \"Mongo container running and available!\"; \
                                    running=\"true\"; \
                                fi \
                            done \
                            "
ExecStartPost=/bin/bash -c "/usr/bin/docker exec oqm_infra_mongo mongo --eval \"rs.initiate({'_id':'rs0', 'members':[{'_id':0,'host':'localhost:27017'}]})\" || echo 'Probably already initialized.'"

ExecStop=/bin/bash -c "/usr/bin/docker stop -t 10 oqm_infra_mongo || echo 'Could not stop mongo container'"
ExecStopPost=/bin/bash -c "/usr/bin/docker rm oqm_infra_mongo || echo 'Could not remove mongo container'"

[Install]
WantedBy=multi-user.target

docker でホストの /data/oqm/db/mongo/ ディレクトリをマップしていますが、正常に動作しているようです。ホストから見ると、実行時にディレクトリが設定されていることがわかります。この設定は再起動間でも正常に動作し、正常に維持されるようです。

しかし、このディレクトリのデータをコピーして戻してデータのバックアップと復元を試み、サービスを復旧しようとすると、Mongo がエラーを起こし、データが破損していると主張します。何かアイデアはありますか?

明確にするために、バックアップと復元は両方ともサービスが停止しているときに実行され、次の内容で構成されます。

バックアップ：

サービスの停止（systemd を使用）
データディレクトリ内のファイルをコピーする
サービスのバックアップを開始する (systemd を使用)

復元中:

サービスの停止（systemd を使用）
データディレクトリ内の既存のファイルを削除する
以前にコピーしたファイルをコピーし直す
サービスの開始 (systemd を使用) (失敗)

ドキュメントに一般的に記載されているこの方法を試しています。https://www.mongodb.com/docs/manual/core/backups/#cp または rsync によるバックアップ

エラーログの抜粋:


May 27 09:06:59 oqm-dev bash[41304]: {"t":{"$date":"2023-05-27T13:06:59.275+00:00"},"s":"I",  "c":"STORAGE",  "id":22315,   "ctx":"initandlisten","msg":"Opening WiredTiger","attr":{"config":"create,cache_size=11224M,session_max=33000,eviction=(threads_min=4,threads_max=4),config_base=false,statistics=(fast),log=(enabled=true,archive=true,path=journal,compressor=snappy),file_manager=(close_idle_time=100000,close_scan_interval=10,close_handle_minimum=250),statistics_log=(wait=0),verbose=[recovery_progress,checkpoint_progress,compact_progress],"}}
May 27 09:06:59 oqm-dev bash[41304]: {"t":{"$date":"2023-05-27T13:06:59.686+00:00"},"s":"I",  "c":"STORAGE",  "id":22430,   "ctx":"initandlisten","msg":"WiredTiger message","attr":{"message":"[1685192819:686027][1:0x7fefd1197cc0], txn-recover: [WT_VERB_RECOVERY_PROGRESS] Recovering log 1 through 3"}}
May 27 09:06:59 oqm-dev bash[41304]: {"t":{"$date":"2023-05-27T13:06:59.719+00:00"},"s":"I",  "c":"STORAGE",  "id":22430,   "ctx":"initandlisten","msg":"WiredTiger message","attr":{"message":"[1685192819:719823][1:0x7fefd1197cc0], txn-recover: [WT_VERB_RECOVERY_PROGRESS] Recovering log 2 through 3"}}
May 27 09:06:59 oqm-dev bash[41304]: {"t":{"$date":"2023-05-27T13:06:59.749+00:00"},"s":"I",  "c":"STORAGE",  "id":22430,   "ctx":"initandlisten","msg":"WiredTiger message","attr":{"message":"[1685192819:749492][1:0x7fefd1197cc0], txn-recover: [WT_VERB_RECOVERY_PROGRESS] Recovering log 3 through 3"}}
May 27 09:06:59 oqm-dev bash[41304]: {"t":{"$date":"2023-05-27T13:06:59.801+00:00"},"s":"E",  "c":"STORAGE",  "id":22435,   "ctx":"initandlisten","msg":"WiredTiger error","attr":{"error":-31804,"message":"[1685192819:801911][1:0x7fefd1197cc0], txn-recover: __recovery_setup_file, 643: metadata corruption: files file:collection-0-6243490866083295563.wt and file:collection-0--9007965794334803376.wt have the same file ID 4: WT_PANIC: WiredTiger library panic"}}
May 27 09:06:59 oqm-dev bash[41304]: {"t":{"$date":"2023-05-27T13:06:59.801+00:00"},"s":"F",  "c":"-",        "id":23089,   "ctx":"initandlisten","msg":"Fatal assertion","attr":{"msgid":50853,"file":"src/mongo/db/storage/wiredtiger/wiredtiger_util.cpp","line":481}}
May 27 09:06:59 oqm-dev bash[41304]: {"t":{"$date":"2023-05-27T13:06:59.802+00:00"},"s":"F",  "c":"-",        "id":23090,   "ctx":"initandlisten","msg":"\n\n***aborting after fassert() failure\n\n"}
May 27 09:06:59 oqm-dev bash[41304]: {"t":{"$date":"2023-05-27T13:06:59.802+00:00"},"s":"F",  "c":"CONTROL",  "id":4757800, "ctx":"initandlisten","msg":"Writing fatal message","attr":{"message":"Got signal: 6 (Aborted).\n"}}

更新: 提案された後、権限が保持されていることを再度確認したところ、確かに保持されています。残念ながら、まだ同じ問題が発生しています。

答え1

理解した。

権限が役割を果たした可能性は確かにありますが、実際に影響を与えたのは次の点を認識したことです。

rm -rf "/some/dir/*"!=rm -rf /some/dir*

コマンドをrm -rf "$root/some/dir"/*次のように変更するとうまくいきました

https://unix.stackexchange.com/questions/326584/rm-command-in-bash-script-does-not-work-with-variable

答え1

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