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bash スクリプト - 「Rscript: コマンドが見つかりません」エラー

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bash スクリプト - 「Rscript: コマンドが見つかりません」エラー

次の bash スクリプトを Linux で実行しようとしましたが、エラー メッセージが表示されますline 31: Rscript: command not found。どこが間違っているのかアドバイスをいただけませんか?

#!/bin/bash
#PBS -S /bin/bash
#PBS -N garunsmodel
#PBS -l mem=10g
#PBS -l walltime=02:00:00
#PBS -A improvingherds
#PBS -m ae


nodeDir=`mktemp -d /tmp/phuong.XXXXX`

cp -r /group/dairy/phuongho/garuns $nodeDir

cd $nodeDir

cd garuns
module load gcc vle // this is to load vle platform
rm -rf out
mkdir out

#In garuns.vpz. The output file path has to be changed.
#to an absolute path that's available on the node the script is running.

XXX=`pwd`
sed -i "s|/group/dairy/phuongho/garuns/out|$XXX/out/|" exp/garuns.vpz
Rscript  R/repetability.R

DATE=`date +%Y%m%d-%H%M%S`
mkdir "/group/dairy/phuongho/job.$DATE"

cp -r out  "/group/dairy/phuongho/job.$DATE"

手動でアクセスして R を実行しようとしたところtmp/phuong.XXXXX/garuns、問題なく動作しました。

答え1

PATHRがすでにインストールされている場合、変数が間違った値を取得している可能性がありますRScript。which RScript

この場合は、 export PATH=/path/to/alternate/r/bin:$PATH 参照時に絶対パスを指定してブルートフォース攻撃を試みてくださいRScript。例: ~/R-3.2.5_patched/bin/RScript/R/repetability.R

答え2

Rをインストールする必要があります

たとえばUbuntuの場合:

sudo apt-get install r-base-core

すると、Rscriptコマンドがコマンド ラインで認識されます。

これを実行してうまくいきましたが、インストールがかなり大規模で、数百もの依存関係がインストールされることに注意してください。インストールには数分かかりました。

答え3

これは、SLURM などを通じてコン​​ピューティング クラスターに送信されるスクリプトのようです。システム管理者に問い合わせて、クラスターに R がインストールされているかどうか、インストールされている場合はスクリプトで R へのアクセスを有効にする方法を問い合わせてください。

私がアクセスできるクラスターでは、module load somesoftware/versionソフトウェアの実行に必要な環境変数を更新/設定するコマンドを使用して、一部のソフトウェアをロードする必要があります。

答え4

同じエラー メッセージが表示されましたが、理由は異なります。私と同じようにここにアクセスした人もいると思うので、ここに投稿します。

最初の行が ではなく であることを確認してください#!/bin/bash(これは問題ではありません)。そうでないと#!/bin/sh、 などの一部のコマンドはmodule load <>実行されません。

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