サスペンドとウェイクアップを数回繰り返した後、システムのウェイクアップ時に HDD アクティビティが約 5 ～ 10 分間続きます (HDD の代わりに RAM を使用するべきではないでしょうか?)。アクティビティが完了した後でも、再起動後の状態と比較すると、システム全体が遅くなったように感じられます。
サスペンド中に（追加の）プログラムを実行していても違いはないと思います。
サスペンド後（RAM メモリがほとんどいっぱいでないとき）に HDD アクティビティが高くなる原因は何ですか?
再起動後と比較して、サスペンド後にシステムが遅く感じる理由は何ですか?
これは、2x 1.6 GHz、4 GB RAM (サスペンド中に最大 30% 使用)、4 GB スワップ 80%、システム用の約 70 GB の空き HDD スペースを備えたノートブック上の Ubuntu 12.04 LTS x64 です。