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UbuntuにNCLとFerretをインストールする方法

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UbuntuにNCLとFerretをインストールする方法

数か月前に Ubuntu を使い始めました。コンピューターに「Ferret」と「NCAR Command Language」をインストールしたいのですが、方法がわかりません。Ubuntu にインストールする方法はありますか?

Ubuntu を使い始める前は、しばらく Fedora を使用していましたが、Fedora では簡単にインストールできました。何か間違っているのでしょうか、それとも Ubuntu では動作しないのでしょうか。私は気象工学の学生で、これらのプログラムを頻繁に使用しているため、これらのプログラムは私にとって重要です。

答え1

Ubuntu 14.04ではapt-get経由でnclをインストールできるようになりました。ただしバグがあります。バグhttps://bugs.launchpad.net/ubuntu/+source/ncl/+bug/1329691リンクをいくつか作成する必要があります。

sudo apt-get install ncl-ncarg
sudo ln -s /usr/share/ncarg /usr/lib/ncarg

そして、14.04 内で ncl を使い始めることができます。

答え2

フェレットの場合、このガイド詳細な（そしておそらく古い）インストール手順が記載されています。残念ながら、.deb利用できるファイルはないようです。

始めるには:

  1. ソースコードをダウンロードする
  2. mkdir ferret_install; cd ferret_install
  3. tar -xvzf ../fer_source.tar.gz
  4. cd FERRET
  5. less README_build_ferret(インストール手順もお読みください)。

あるいは、.rpmパッケージをダウンロードし、alien を使用してインストールすることもできます。

sudo apt-get install alien dpkg-dev debhelper build-essential
sudo alien rpm_filename.rpm
sudo dpkg -i rpm_filename.deb

おそらく少なくともいくつかの依存関係は失敗するので、それらを手動でインストールする必要があります。

NCLの場合、Debianパッケージは利用可能適切なパッケージ (32 ビットまたは 64 ビット) をダウンロードし、 でインストールしますdpkg -i package_filename.deb。ダウンロードする前に登録が必要なので、これをテストできませんでした。

答え3

Ferret は現在、Ubuntu のメイン リポジトリにあります。次のようにインストールできます:

sudo apt-get install ferret

答え4

Ubuntu の apt-get で利用できる ferret ソフトウェアは、NOAA の Ferret とは異なります。

Linux システムに Ferret と PyFerret をインストールするための簡単なガイドです。まず以下をインストールします (Fedora では dnf または Ubuntu Synaptic Manager を使用)

PyQt4.x86_64
PyQt5.x86_64(python-qt5.x86_64)
gcc-gfortran.x86_64
scipy.x86_64
numpy.x86_64
java-1.8.0-openjdk
libgfortran
libcurl
pango
cairo

リンクへ移動https://github.com/NOAA-PMEL/PyFerret/リリース pyferret の必要なバージョンへのリンクを取得します。

mkdir -p ~/pkgs
cd ~/pkgs
wget https://github.com/NOAA-PMEL/PyFerret/releases/download/v7.2.1-final/pyferret-7.2.1-RHEL7-64.tar.gz
wget ftp://ftp.pmel.noaa.gov/ferret/pub/data/fer_dsets.tar.gz
wget ftp://ftp.pmel.noaa.gov/ferret/pub/rhel6_64/fer_environment.tar.gz
wget ftp://ftp.pmel.noaa.gov/ferret/pub/rhel6_64/fer_executables.tar.gz

次のディレクトリに移動します。

sudo mkdir -p /usr/local/pyferret
sudo mv pyferret-7.2.1-RHEL7-64.tar.gz /usr/local/pyferret
sudo mv fer_*tar.gz /usr/local/pyferret
cd /usr/local/pyferret

すべて抽出する

for f in *.gz
do
sudo tar -zxvf $f
done

Finstallを実行する

cd pyferret-7.2.1-RHEL7-64
sudo ./bin/Finstall

最初の質問に対する回答

pyferret-7.2.1-RHEL7-64 のリポジトリ

2番目のクエリに対する回答 /usr/local/pyferret

3番目のクエリに対する回答 /usr/local/pyferret

bashリンクの場合はsと入力する

希望するPythonのバージョンとしてpython2.7と入力します

source /usr/local/pyferret/ferret_paths

必要に応じて、このパスを .bashrc に保持します。

フェレットのインストール

cd /usr/local/pyferret
sudo ./bin/Finstall

/usr/local/pyferretは、ferret_pathsディレクトリを除くすべての質問に対する答えです。

ローカル

source /usr/local/ferret_paths

必要に応じてこのパスを.bashrcに保存してください

これで、ferret コマンドと pyferret コマンドの両方が動作するはずです。

トラブルシューティング：

  1. pyferret で libgfortran.so.3 が見つからないという問題がありました。問題は、fedora27 では、最新の gcc-gfortran 7 では libgfortran.so.4 しか提供されないことです。gcc-gfortran のどのバージョンもインストールできなかったため、libgfortran.so.3 が提供されました (rpm を使用すると、既存のパッケージの一部が壊れました)。別のシステム (Ubuntu 16.04.3) から libgfortran.so.3 と libgfortran.so.3.0.0 を直接取得し、~/pkgs/libs の下に保存して、pyferret で次のコマンドを実行しました。export には、LD_PRELOAD=~/pkgs/libs/libgfortran.so.3:~/pkgs/libs/libopenblas.so.0;pyferret -nojnl alias pf='export LD_PRELOAD=~/pkgs/libs/libgfortran.so.3:~/pkgs/libs/libopenblas.so.0;pyferret -nojnl' のようにエイリアスを入れることができます。

  2. パッケージのバージョンが異なる場合は、次の方法で必要なものを選択してください。

    sudo ln -sf /usr/lib64/libreadline.so.7.0 /usr/lib64/libreadline.so.6 sudo ln -sf /usr/lib64/libhistory.so.7.0 /usr/lib64/libhistory.so.6

  3. さらにいくつかのパッケージが必要になる場合があります(Ubuntuの場合はapt-get)

    sudo dnf インストール libpng15.x86_64 sudo dnf インストール libpng12.x86_64

  4. ~/.bashrcにLD_LIBRARY_PATHを追加します。

    LD_LIBRARY_PATH を /usr/lib/:/usr/lib64/:/usr/local/pyferret/ext_func/libs/:/usr/local/pyferret/lib/python2.7/site-packages/pyferret/ にエクスポートします。

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